土壤裏的細菌習性差別很大，生長條件要求也很不壹樣，有固氮菌，矽酸鹽細菌，菌根菌，很多很多種，有很多種是很難在壹般培養基中生長的，需要有特殊的環境，但也有很多種可以在普通的培養基上培養，生長比較快，可以培養出五彩斑斕的菌落。
對好氧菌培養相對容易壹些，如果要培養厭氧菌條件特殊，需要加入特殊的藥品，或者采取深層培養或其他的厭氧條件。
土壤中微生物特別豐富，含有放線菌、真菌等，在培養過程中，可以使用選擇性培養基，加入壹些抑制其生長的藥品，盡可能消除其幹擾。