主要作品有：《文化苦旅》、《山居筆記》、《君子之道》、《何謂文化》、《冰河》、《千年壹嘆》、《行者無疆》。
1、《文化苦旅》
《文化苦旅》是當代學者、作家余秋雨的壹部散文集。於1992年首次出版，是余秋雨先生二十世紀八十年代末和九十年代初在海內外講學和考察途中寫下的作品，是他的第壹部文化散文集。全書主要包括四部分，分別為如夢起點、中國之旅、世界之旅、人生之旅。
全書憑借山水風物來尋求文化靈魂和人生真諦，探索中國文化的歷史命運和中國文人的人格。該書獲得了全國金鑰匙圖書二等獎，上海市優秀圖書壹等獎，上海市第二屆文學藝術成果獎，臺灣最佳讀書獎。
2、《山居筆記》
《山居筆記》是余秋雨在1992年至1994年間，全身心地用兩年多的時間創作成的，***十壹篇文章。寫作期間，作者辭去了學院的職務，不再上班；同時寫作又與考察聯在壹起，很多寫到的地方壹去再去。
在作者的總體計劃上，這本《山居筆記》是他以直接感悟方式探訪中華文明的第二階段記述。第壹階段的記述是《文化苦旅》，在那本書中，他背負著生命的困惑，去尋找壹個個文化遺跡和文化現場，然後把自己的驚訝和感動告訴讀者。
但是等到走完寫完，發覺還有不少超越具體遺跡的整體性難題需要繼續探訪。作者將這些問題歸為：對於政治功業和文化情結的互相覬覦和生死與***；對於文化靈魂的流放、毀滅和復蘇；對於商業文明與中華文化的狹路相逢和擦肩而過。
對於千年科舉留給社會歷史的功績和留給群體人格的禍害；對於稀有人格在中華文化中斷絕的必然和祭奠的必要；對於君子和小人這條重要界線的無處不在和難於劃分。
3、《何謂文化》
在《何謂文化》中，余秋雨先生首次對文化這壹根本問題作出自己的回答。在學理層面上進行分析辨源，逐壹解答了文化是什麽、文化的根本目標以及中國文化的特點等重要問題。
用最動情的散文化語言回憶了與自己有過不尋常交往的多位文化巨匠，如謝晉、黃佐臨、巴金、章培恒，以及臺灣文化耆宿林懷民、白先勇和余光中，並特別回憶了四十年前親自參與文化重建的周恩來總理。回憶文革往事，從這些大家身上找尋文化的奧秘。
值得註意的是，余秋雨在書中第壹次全面澄清和駁斥了歷年來媒體和個人針對他的各種質疑和誹謗。
除此之外，余秋雨又結合了自己對多處文化遺址的考察，從古典中提煉文化涵養，談古論今。跨時空與地域的雙重視角，使《何謂文化》既有理論上的厚度深度，又不乏感人的故事與動情的文筆。堪稱20多年來余秋雨先生關於文化思索的最誠懇、最隆重、最重要的著述。
4、《冰河》
本書是余秋雨的首部長篇小說，故事發生在中國古代的南方，具備驚人美麗的女子孟河在壹次“淑女鄉試”中拔得頭魁，引來大批追求者，然而她暗中女扮男裝，乘船踏上了去京城尋找生父的路途。
途中，船只突遇冰雪，不僅被冰封在前後無援的河中，眾人也遭遇生死攸關的求生考驗。在絕境中，船上的考生金河深夜鑿冰救人，卻因凍傷無法趕考。
孟河為報恩情冒名代考，卻中了狀元，引出壹連串撲朔迷離的意外和磨難，也讓她找到了情之所屬，留下壹段沈香般的愛情傳說。
5、《千年壹嘆》
《千年壹嘆》是2002年作家出版社出版的壹部圖書，是余秋雨先生的力作，與以往不同的是，這是壹本日記。在千年之交2000的時候，余秋雨先生隨香港鳳凰衛視"千禧之旅"越野車隊跋涉四萬公裏，這本書完全記錄了四萬公裏行程中的經歷。
在書中作者以感傷、厚重而平實，卻不失優美的語言，記錄了伊斯蘭文明、兩河文明、阿拉伯文明、印度文明、古埃及文明、希伯來文明等文明的衰落，並探討了衰落的根本原因，在對比中又逐漸找到了華夏文明之所以延續的原因。
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