兩案九制的具體內容如下：
1、兩案：疫情防控工作方案，新型冠狀病毒肺炎疫情應急處置預案。
2、九制：傳染病疫情及突發公***衛生事件報告制度、師生晨午檢制度、學生因病缺課登記追蹤制度、復課證明查驗制度、學生健康管理制度、應急接種制度、傳染病防控健康教育制度、通風消毒制度、環境衛生檢查通報制度，以上簡稱“兩案九制”。
根據法律規定，國家對傳染病防治實行預防為主的方針，防治結合、分類管理、依靠科學、依靠群眾。縣級以上人民政府制定傳染病防治規劃並組織實施，建立健全傳染病防治的疾病預防控制、醫療救治和監督管理體系。
法律依據：
《中華人民***和國行政強制法》第三條行政強制的設定和實施，適用本法；發生或者即將發生自然災害、事故災難、公***衛生事件或者社會安全事件等突發事件，行政機關采取應急措施或者臨時措施，依照有關法律、行政法規的規定執行。
第十條 行政強制措施由法律設定。尚未制定法律，且屬於國務院行政管理職權事項的，行政法規可以設定除本法第九條第壹項、第四項和應當由法律規定的行政強制措施以外的其他行政強制措施。
尚未制定法律、行政法規，且屬於地方性事務的，地方性法規可以設定本法第九條第二項、第三項的行政強制措施。法律、法規以外的其他規範性文件不得設定行政強制措施。
《中華人民***和國傳染病防治法》第十六條第二款傳染病病人、病原攜帶者和疑似傳染病病人，在治愈前或者在排除傳染病嫌疑前，不得從事法律、行政法規和國務院衛生行政部門規定禁止從事的易使該傳染病擴散的工作。