菟絲子的入藥部位主要是其幹燥的種子，是壹味傳統的中藥材，其味甘、辛，性平，微溫，入肝、腎、心經，具有補肝腎、益精髓、明目、安胎等功效的滋補中藥材。
在中醫典籍中，菟絲子最常用的功效就是滋補肝腎的功效，對於肝腎不足引起的小便淋瀝，小便白濁，夢遺等，菟絲子是很好的滋補藥物，這個藥藥性柔潤，可以平補肝腎而不燥，是很好的滋補藥物。中醫認為，遺精的問題屬於心肝腎齊病造成的水火兩虛，才使得“火欲動而水亦動矣，久則結成夢想而精遺。”，而菟絲子正是能夠壹味藥補心肝腎的藥物，因此，單用菟絲子有時對於腎性遺精的現象就會有很好的治療效果。也可以用菟絲子配伍白茯苓、石蓮肉兩位藥材使用，組成方劑“茯菟丸”，也是治療小便白濁，夢遺的好藥。對於心腎不足引起的小便赤濁，口幹煩熱，精血不足，頭暈心慌等癥狀，可以用菟絲子配伍麥門冬，有不錯的改善效果。
菟絲子除了可以內服，還可以外敷使用，對於眉煉癬瘡（即兩眉之間生的癬瘡），痔瘡等，都可以用菟絲子研末外敷，癬瘡用油調敷，痔瘡用蛋白調敷，均有不錯的治療效果。