首先，常規應用劑量
1，育苗用量:每平方米100ml，每10天壹次。
2.成魚育肥:第壹次7斤/畝，生石灰後2小時，用水稀釋均勻撒於全池，每兩個月4-5斤/畝。菌液也可以用沸石粉吸附或與細土混合後撒入池中。
3.魚苗或病魚藥浴:將光合細菌稀釋10倍，浸泡魚苗或病魚15分鐘。
4.混合餌料投餵:魚苗餌料用5%液體，成魚餌料用3%液體，現混合投餵。
二、註意事項
1.光合細菌的適宜使用水溫為15℃ ~ 40℃，最適水溫為28℃ ~ 36℃，應在水溫20℃以上使用。註意不要在下雨天使用。
2、光合細菌液體不能存放在金屬器皿中。因為很多金屬離子可以抑制它的生長。
3.避免與消毒劑混合。使用前必須用水消毒3 ~ 7天。
4.培育魚苗時，在魚苗入塘前7天，在全塘撒施，以培育適口的浮遊生物。
5.用量和使用的連續性要靈活把握，因為光合細菌只有在水中形成優勢群才能發揮最大作用。
6.水體呈堿性時應用效果最佳。應使用生石灰或苛性鈉將pH值調節至中性或堿性水平。
7.配合施肥效果更好。池塘施用糞肥或化肥時，施用光合細菌可以避免化肥過多、水質難以把握的缺點，防止藻類老化導致水質惡化。
8.光合細菌主要用於改善水質和預防疾病，而不是治療疾病。