兩種或兩種以上藥物的組合稱為配伍。中藥配成方子，用於臨床。配伍的目的是使藥物更好地發揮療效，停止不良反應，而更復雜的證候則可以綜合處理。
有些藥性相近的藥物，如黃柏、知母，合用後相互促進療效，稱為“相須”。兩種或兩種以上作用不同的藥物合用，可使療效更佳，稱為“相互促進”，如款冬花、杏仁等。當兩種藥物合用時，壹種藥物被另壹種藥物抑制，足以減輕或消除其毒性或強，稱為“相畏”，如半夏畏姜。壹種藥物可以抑制另壹種藥物的療效，稱為“互邪”，如生姜、黃芩等。壹種藥物可以消除另壹種藥物的毒性反應，稱為“相殺”，如綠豆殺巴豆毒。兩藥合用可引起嚴重的副作用，稱為“對生”，如附子對半夏。對立和對立屬於不相容。但最近有報道稱，適當使用相反對立的藥物，可以變“禁忌”為“興奮”，從而對壹些疑難雜癥取得意想不到的療效，但還需進壹步研究。
雖然大多數藥物是聯合使用的，但也有少數藥物是單獨使用的，稱為“單線”，如沈度湯、甘草湯等。
藥物禁忌癥
妊娠禁忌癥:某些藥物有流產、流產的弊端。但在這些藥物中，對妊娠的危害也有壹定程度的不同，分為禁用和慎用兩類。禁藥多為劇毒，如巴豆、矮牽牛、大戟、商陸、三棱、莪術、水蛭、麝香等。慎用包括桃仁、紅花、大黃、枳實、附子、肉桂等藥物。慎用的藥物不是絕對不能用，要根據病情的需要和孕婦的情況來考慮。
服藥禁忌:通常稱為“禁忌”。傳統上，甘草、桔梗、烏梅忌食豬肉，麥冬忌食鯽魚，茯苓忌食醋。對於患者來說，更重要的是避免生冷、粘稠、不易消化的食物。至於皮膚病、外感咳嗽，前期忌食黃魚、海鮮、竹筍是飲食禁忌，與中醫關系不大。自己保存的中藥被蟲子吃了，但藥效只是蟲子吃的那部分。如果把飛蛾和它們的蛋屎去掉，中藥還是可以吃的。至於中藥，壹旦發黴，服用後變質有害，再貴也不如丟棄。
毒性藥物:中藥，如砒石、馬錢子、曼陀羅花等，壹般都是已知的毒性藥物，慎用。但有些中藥沒有毒性，用多了也會中毒。比如苦杏仁會產生氫氰酸等有毒物質。如果成人服用50-60粒，兒童服用7-10粒，會有生命危險。再比如黃藥子，常用於治療甲狀腺疾病。如果用了30克，可能對肝臟有毒性，導致黃疸，肝功能受損。