苗族醫藥歷史悠久，在傳說、詩歌和文獻中都有記載。西漢劉向的《說邊原吳》記載:“聽說古代的醫生叫苗阜，苗阜是個醫生，在鄉下行醫。”小澤(紫莖澤蘭)和菖蒲，被稱為苗藥，經常出現在春秋戰國時期的文獻中，如《楚辭》。《神農本草經》約三分之壹的苗語筆記；《本草綱目》第壹卷有15種，第二卷有27種苗藥。這說明苗藥在很久以前就滲透到了中醫的寶庫中，並被收入中醫書籍的藥典中，在歷史上占有重要的地位。
苗藥因療效顯著而久負盛名。19年底，貴州花桃亭二胎壹龍，通過剖腹產為孕婦取出死胎。經過壹個月的治療，孕婦康復了，轟動壹時，也是奇聞。雷山苗藥對毒蛇傷可謂是得心應手，能在短時間內治愈能致人於死地的癤、癰、疽、蛇毒以及關節炎、風濕、類風濕等疾病。湖南《鳳凰堂錄》記載“妙迪多產藥，或吞，或敷，甚效。”所以清朝以後軍政官員都很重視苗醫。如西安同年，率領的起義軍有黃平縣潘控告內裏江為義軍治療刀傷、槍傷；北洋政府總理熊希齡多次到家鄉湘西請苗醫來京治病。長征期間，賀龍同誌非常重視苗醫，多次指示“不僅要找好苗導，還要動員苗醫隨部隊前進”。新中國成立後，苗藥得到進壹步發展，發現和開發了許多治療疑難病的方劑。
苗族居住分散，方言眾多，導致苗藥內容差異較大，呈現出多姿多彩的風格。如在苗醫理論“三十六病、七十二病、四十九轉”的共同特點基礎上，在黔東北形成“三十六經、七十二病”，在黔東南使用“兩綱五經、三十六病、七十二病”，而在黔東部分地區廣泛使用“四十九轉”。
在病因病理方面，苗醫生認為胃是人體最重要的器官，胃主萬物。同時明確指出異常情緒是致病因素之壹。黔東南苗族醫生把疾病分為寒癥和發熱兩大類，還根據疾病的不同表現和惡運把疾病分為寒經、熱經、快經、慢經和半經。這無疑是苗醫對疾病病因病機的深入理解。湘西苗醫認為“無毒不生”，毒是許多疾病的總因。作為治毒四法，敗毒、排毒、顯毒、攻毒在所有法律之首。這是苗醫臨床先毒的學術觀點。
“沒有紊亂就沒有疾病”。這是對苗族醫療機制的總結。“混沌”是指人體的某些組織和結構遭到破壞而產生的無序現象。治療既要重視總因的“毒”，又要重視總病機的“亂”。有些情況下，只要先把“亂”治了，它的“毒”往往不用治就消失了。因此，在苗族治病的十七法中，治“亂”的法所占的比重最大。這就是苗醫臨床“治亂為本”的方法論。
在疾病的診斷上，苗醫診斷與中醫有相似之處，但又各有特點。在苗醫的四診中，出診非常重要，其特點非常明顯。比如貴州織金縣的十五訪法，就是看形、看四毛(發、眉、睫毛)、看指甲、看手掌等。這種方法與中醫有相同的相似之處，但又有自己的特點。比如中醫壹般只看頭發，少看其他三毛；苗醫重視看釘，多用於婦產科；再比如看指紋。中醫苗醫要觀察指紋的顏色和長短，但中醫要觀察起伏來確定表裏，苗醫要觀察形態來確定病因和屬性。兩者結合對於提高臨床診斷的正確率有壹定的現實意義。
苗醫很講究拿(脈)診。有的苗醫把脈象分為11型。脈的數量比中藥少，但取脈的部位比中藥多。古往今來的脈診方法多種多樣，最早的脈診方法是《黃帝內經》記載的三叩九候法。
苗醫的聞診(嗅診)很少使用，主要用於嘔吐、腹瀉、尿異常等疾病。此外，有些地方的苗醫診斷非常獨特，主要包括血液診斷、急癥診斷和生物診斷。苗醫將所有疾病分為寒病和熱病兩大類，於是制定出以熱治寒病和以寒治熱兩大原則。疾病的治療方法主要是內治和外治。有苗醫總結了治病的三大原則，即改善人體的良好結構，調整人體的生理功能，補充人體所需的物質。根據這三個原則，他們制定了治療疾病的17大法則。
苗棣在醫學上多產。以貴州為例。貴州是中國四大藥材產地之壹。據調查，貴州有藥用植物2810多種，苗族醫藥1000多種。新中國成立以來，特別是十壹屆三中全會以來，苗族醫藥研究發展迅速。有陸克敏的《苗藥集》、龍的《口頭集》和龍秉文的《古代故事集》、歐誌安的《湘西苗藥集》和《苗藥》。有兩本書名相同的書，象形醫學-彜苗傳統醫學精要。