無癥狀支原體感染不需要治療。
由於衣原體支原體也是人體的正常寄生蟲，人體泌尿生殖道內會有壹定量的支原體。所以，如果體檢或婚檢只發現支原體陽性，但本身並沒有什麽不舒服的癥狀，而且六個月內不考慮要寶寶，也不需要治療，只要註意個人衛生，有保護的性生活就可以了。
有癥狀的支原體和衣原體感染患者應首先使用敏感的抗生素治療。
如果檢查時發現支原體、衣原體陽性，平時仍有不適癥狀，如男性出現尿道刺痛、尿頻、尿道口紅腫、有分泌物等癥狀，女性出現白帶增多、陰道混濁、紅腫、瘙癢等癥狀，可在藥敏試驗檢測下選擇敏感抗生素進行治療。常用抗生素包括喹諾酮類、四環素類和大環內酯類。壹般患者治療期間需要服用3~7天，停藥壹周後可以去復查。如果支原體轉陰，沒有不適癥狀，說明已經治愈。如果支原體仍呈陽性或仍有不適癥狀，就要更換治療藥物或選擇其他方法進行治療。
癥狀反復發作或支原體感染合並其他泌尿生殖系統疾病的患者，可以考慮使用中藥。
對於那些在治療過程中不註意避開傳染源，導致治療時間過長，或者對抗生素產生耐藥性，或者感染了其他泌尿生殖系統疾病的患者，如果仍然選擇抗生素進行治療，很難達到理想的效果。在這種情況下，中藥嚴復丸的治療效果會更好，因為壹方面中藥可以全面調理人體，從而達到標本兼治的效果。