痔瘡出血患者:咖啡灌腸劑中的酸會刺激肛門皮膚，可能會加重痔瘡。所以直腸有出血傷口的人不適合。
孕婦:咖啡灌腸不適合孕婦，尤其是懷孕初期。對腸道的過度刺激可能會引起子宮異常收縮。
兒童及昏迷人群:10歲以下兒童不適合，除非有嚴重便秘，以及臥床不起、昏迷患者或老人。
患有嚴重胃腸疾病的人:大小腸疾病患者，最好先咨詢胃腸專科醫生。