1.部位不同:衛生香是沈香樹的白木部分，而沈香是沈香樹的香部，是油和木部分的混合物。
2.香味不同:衛生香壹般不含樹脂，香味比較單壹，可能包括艾蒿、菖蒲、沈香、檀香、玫瑰、茉莉、薰衣草等天然植物材料的香味。沈香的香味非常獨特，號稱六國五味。不同產地沈香的香味也各有特點，通常有甜、乳、花香，香味淡雅多變。
3.作用不同:衛生香主要用於祭祀、焚香、除異味等場合，而沈香不僅有香味，還有鎮靜、養生、藥用價值。
綜上所述，沈香和衛生香在位置、香味、功能上都有明顯的區別。