氨基酸的吸收是活躍的。目前，在小腸壁上已經確定了三種主要的轉運氨基酸的特殊遞送系統，它們分別輪換中性、酸性或堿性氨基酸。壹般來說，中性氨基酸比酸性或堿性氨基酸轉運得快。類似於單糖的吸收，氨基酸的吸收也伴隨著鈉的吸收。鈉泵活動受阻後，氨基酸的轉運就無法進行。氨基酸吸收的途徑幾乎完全通過血液。當蛋白質被小腸吸收後，門靜脈血中的氨基酸含量立即增加。
曾經有人認為，蛋白質只有水解成氨才能被吸收。但近年來實驗指出，小腸橫紋邊緣仍存在二肽和三肽轉運系統，因此許多二肽和三肽也能被小腸上皮細胞完全吸收，肽轉運系統的吸收效率可能高於氨基酸。進入細胞的二肽和三肽可以被細胞內的二肽酶和三肽酶進壹步分解成氨基酸，然後進入血液循環。
完整的蛋白質能被人體腸道上皮細胞吸收嗎？很多實驗證明，少量的食物蛋白就可以完全進入血液，因為吸收的量少，從營養學的角度來說是沒有意義的；相反，它們常可作為抗原引起過敏反應或毒性反應，對人體不利。