2、火的理論。香火為肝腎之特產，屬心包、膀胱、三焦、膽經。火經常變化，正常狀態屬於生理火，這點很重要。“人離不開這團火”是生命活動的動力；火若越位，妄動，則傷陰耗精，導致多病。針對這種內生的實熱，提倡滋陰降火的治療方法。
3.《方菊戲》對方菊的批評，主要集中在宋代正式頒布的《和集·方菊》和宋元時期因崇拜方菊而形成的“方菊之學”上。指出了方菊忽視辨證論治、凡事以為寒、濫用溫香藥、百病同治的危害。提倡臨床治療的處方，反對查處方不問病因的醫療風氣。
4、氣血痰瘀辨證治療。在雜病治療中，朱丹溪廣泛運用氣血、痰瘀辨證的方法，尤其在郁證病機、痰證治法的闡述上較前人更為深入。
5.治療時註意保護正氣，慎用發汗、嘔吐、降逆等攻法。
6、以禁欲為中心的保健思想。提倡飲食節欲，反對吃丹藥。