1.按服務項目收費:根據合作協議，醫美機構與美容院老板娘可根據服務項目收費標準協商結算。比如醫療美容機構提供的服務有打針、激光，美容院老板娘提供的服務有美容護膚。雙方可以根據服務價格進行結算。
2.按照合作協議約定的分成比例進行結算:雙方可以協商按照合作協議約定的分成比例進行結算。比如醫療美容機構和美容院老板娘可以約定7比3分成。
3.按實際收入結算:雙方可協商按實際收入結算。比如醫療美容機構和美容院老板娘可以約定按照實際收入的比例進行結算。