益生菌主要是含有腸道有益菌的藥物，常用的主要是雙歧桿菌、地衣芽孢桿菌、復方嗜酸乳桿菌片，可以補充腸道有益菌，從而達到調節腸道微生態，幫助恢復腸道功能，促進消化吸收的作用。益生菌主要用於治療急性胃腸炎、消化不良、食欲不振、便秘等疾病，壹般應避免使用。
平時盡量正確服用益生菌，有助於提高治療效果。建議盡量飯後服用，或者加入牛奶中。同時，需要註意混合益生菌時水溫的控制，盡量使用溫水，避免與溫度過高的水混合，以免影響益生菌的治療效果。
益生菌調節腸道正常菌群，臨床常用的益生菌都是中醫認可的，如媽咪愛、兩歧雙歧桿菌、四聯桿菌、羅梭菌等。其主要作用是預防和改善腹瀉、便秘，調節腸道正常菌群，緩解乳糖不耐受癥狀，增強人體免疫力，促進腸道消化系統健康，降低血清膽固醇，但益生菌不能長期服用。