《本草綱目》共52卷，約65438+90萬字。共分16部分62大類，其中藥品1892種，處方11096張，附圖1092張。該書收錄的植物藥只有881種，附錄61有942種，著名和未使用的有153種，共1095種，占總藥數的58%。它涵蓋了植物界的所有類別:低等藻類、地衣和高等苔蘚植物、蕨類植物、裸子植物和被子植物。同時還收集了許多外來植物藥材，是當時植物的完整收集。李時珍在書中將植物分為草部、谷部、菜部、果部、本部五大類，共30類，並將草部分為山草、香草、濕草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、雜草九大類。李時珍的植物分類方法在世界上是獨壹無二的。甚至比西方植物分類學的創始人林奈提出的植物分類還要早175年，內容也豐富得多。