中國科學院三亞深海科學與工程研究所是中國科學院直屬科研機構，2011由中國科學院發起，海南省人民政府、三亞市人民政府、中國科學院共同組建。
三亞深海所旨在推動國家建設海洋強國，提升中國深海科學研究和海洋工程技術的R&D實力，構建科學研究、工程技術和深海作業壹體化體系，引領中國深海科學、深海技術、資源開發利用和產業化發展，致力於建設和發展深海科學與工程前沿科學和關鍵技術研發的現代化基地，成為國家深海R&D實驗的開放平臺。
該研究所的主要研究方向是深海相關科學問題的研究、深海觀測的方法和儀器、深海潛水器技術和深海資源的開發利用。以此為基礎，成立了深海科研部和深海工程技術部。