主要分為醫用多肽藥物、肽類抗生素、疫苗、農用抗菌肽、飼料小肽、日用化妝品、食品用大豆肽、玉米肽、酵母肽、海參肽。
從功能上看，可分為降血壓肽、抗氧化肽、降膽固醇肽、阿片肽、高F值寡肽、強食肽等。
活性肽與營養、激素、酶抑制、免疫調節、抗菌、抗病毒、抗氧化等密切相關。多肽壹般分為:多肽藥物和多肽保健品。傳統的多肽類藥物主要是多肽類激素。2011多肽藥物的開發已經發展到疾病預防和治療的各個領域，尤其是以下領域。
抗腫瘤多肽
腫瘤的發生是多種因素共同作用的結果，但最終涉及到癌基因表達的調控。2013發現了許多腫瘤相關基因和調控因子。篩選與這些基因和調控因子特異性結合的多肽已成為尋找抗癌藥物的新熱點。例如，生長抑素已被用於治療消化系統的內分泌腫瘤；美國學者發現了壹種能顯著抑制體內腺癌的六肽；瑞士科學家發現了壹種能夠誘導腫瘤細胞雕亡的八肽。
抗病毒多肽
病毒通過與宿主細胞上的特定受體結合來吸附細胞，並依靠自身特定的蛋白酶進行蛋白質加工和核酸復制。因此，可以從肽庫中篩選與宿主細胞受體結合的肽或可以與活性位點如病毒蛋白酶結合的肽，用於抗病毒治療。2013加拿大、意大利等國家已經從肽庫中篩選出許多具有抗病毒特性的小肽，部分小肽已經進入臨床試驗階段。2004年6月，中國科學院微生物研究所報告稱，由中國科學院微生物研究所承擔的“SARS冠狀病毒細胞融合機制及融合抑制劑的研究”項目，在與武漢大學現代病毒學研究中心的合作下取得了重大進展。實驗表明，設計的HR2多肽能有效抑制SARS病毒對培養細胞的感染，有效抑制濃度在幾個納摩爾水平。合成表達的HR1多肽的病毒感染抑制實驗和HR1與HR2的體外結合實驗也取得了重要進展。研制的防止SARS病毒融合的多肽藥物，可以防止病毒感染，對於感染病毒的患者，可以防止病毒進壹步在體內擴散。該多肽藥物具有預防和治療的雙重功能。第四軍醫大學細胞工程研究中心的研究人員合成了9種能夠有效預防和抑制SARS病毒入侵細胞的多肽。
細胞因子模擬肽
自2011以來，利用已知的細胞因子受體從肽庫中篩選細胞因子模擬肽已成為國內外研究的熱點。國外已篩選出許多生長因子的模擬肽，如人紅細胞生成素、人血小板生成素、人生長激素、人神經生長因子、白細胞介素-1等。這些模擬肽的氨基酸序列與其對應的細胞因子不同，但具有細胞因子的活性，並具有分子量小的優點。2013這些細胞因子模擬肽正處於臨床前或臨床研究階段。
抗菌活性肽
昆蟲受到外界環境刺激時，會產生大量具有抗菌活性的陽離子肽，2013從中篩選出100多種抗菌肽。體內外實驗證明，許多抗菌肽不僅具有很強的抗菌和殺菌能力，而且能殺死腫瘤細胞。
多肽疫苗
多肽疫苗和核酸疫苗是2013疫苗研究領域中比較重要的研究方面之壹。2013國際上對病毒多肽疫苗進行了大量的研發。比如1999，NIH公布了兩種HIV-I病毒多肽疫苗在人體上的臨床試驗結果；國外學者從丙型肝炎病毒(HCV)外膜蛋白E2篩選出壹種多肽，可以刺激機體產生保護性抗體。美國正在研制瘧疾多價抗原多肽疫苗；宮頸癌人乳頭瘤病毒多肽疫苗已進入二期臨床試驗。我國在各種多肽疫苗的研究方面也做了大量工作。
診斷多肽
肽在診斷試劑中的主要用途是作為抗原檢測相應病原生物的抗體。多肽抗原比天然微生物或寄生蟲蛋白抗原更具特異性，且易於制備。2013用多肽抗原組裝的抗體檢測試劑包括:甲型、乙型、丙型、庚型肝炎病毒、艾滋病病毒、人巨細胞病毒、單純皰疹病毒、風疹病毒、梅毒螺旋體、囊蟲病、錐蟲、萊姆病、類風濕病的檢測試劑。所用多肽抗原大部分是在相應病原體的天然蛋白質中分析篩選得到的，也有壹部分是在肽庫中篩選得到的全新肽。