制藥工程就業方向畢業後可從事壹切與藥物相關的工作:如R&D人員——在藥廠、高校、科研院所的研究部門從事藥物研發工作；
生產技術人員——在藥廠從事藥品生產和技術工作；
質量檢驗和實驗室人員——在藥廠、食品廠、藥品實驗室從事食品藥品質量檢驗和實驗室工作；
管理人員——在藥廠從事藥品生產的技術管理工作；
營銷人員——在藥廠、醫藥營銷公司從事醫藥營銷和內勤工作；
藥師——在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作；在藥店和醫藥營銷公司從事用藥指導和咨詢工作；
藥檢人員——在藥檢所從事藥品質量鑒定，制定相應的質量標準；
公司職員——在醫藥貿易公司或醫藥企業從事藥品流通和國內外貿易。
藥監員——公務員，在國家、省、市、縣藥監局從事食品藥品質量監管工作；
醫藥產業已經成為世界經濟強國競爭的焦點，世界上許多國家都把建立醫藥產業作為國家富強的象征。新藥的不斷發現和治療方法的巨大進步(如基因研究)促使醫藥行業發生了巨大的變化。
因此，無論是藥物還是工藝技術，都需要新的制藥工程師，他們擁有最新的技術和跨學科的知識，擁有制藥工藝和產品雙向定位的知識和能力，以及密集的行業信息和對全球和國內政策法規的熟悉。