壹、對無證生產經營行為的處罰
無證生產經營保健食品的，依照現行《食品安全法》第八十四條的規定處罰。除沒收其違法所得外，對違法生產經營保健食品以及用於違法生產經營的工具、設備、原料等，還應處以罰款。非法生產經營保健食品貨值金額不足1萬元的，並處2000元以上5萬元以下罰款；貨值金額1萬元以上的，並處貨值金額5倍以上10倍以下罰款。
所謂無證生產經營保健食品行為，應註意把握以下幾點：
1、無證生產行為，包括未取得國家《保健食品批準證書》而生產保健食品的行為，也應包括未取得省級食品藥品監管部門批準而生產保健食品的行為。行政許可而生產保健食品的行為。
2、在查處無證違法生產行為時，壹定要註意衛生部門發證與藥監部門發證這兩個問題的關系。"保健食品批準證書 "目前存在衛生部和國家食品藥品監督管理局兩種格式，均為有效批件，相互之間不存在交叉和重復。兩個部門的有效批文數量可以在其基礎數據庫中查到。如果數據庫中查不到，基本可以認定為假冒。
3、無照經營行為主要是指未取得縣級以上保健食品經營許可證而經營保健食品的行為。鑒於工商部門對保健食品流通許可作出了相關規定，即按照《食品安全法》的原則精神，縣以上藥監部門先進行前置許可。因此，對於未經藥監部門許可經營保健食品的行為，應當依法查處。但需要註意的是，原衛生部門頒發的保健食品經營衛生許可證應當在有效期內予以認可。
二、關於假冒品種的處罰
假冒品種，包括幾種情況：
壹是假冒其他企業的合法保健食品品種，即盜用被許可人的合法保健食品批準文號。這種違法行為包括盜用國家批準的合法進口保健食品進口註冊號；
二是編造保健食品批準文號，在國家監管部門的數據庫中查不到。這種違法行為包括編造保健食品進口註冊號；
三是盜用合法保健食品生產企業名稱；
四是編造保健食品生產企業名稱。對上述四種行為的處罰，應根據案件不同部位適用不同的處罰規定。
如果在生產環節發現各類造假行為，可按照《食品安全法》第八十四條無證生產行為進行處罰。如果在流通環節發現假冒保健食品，有兩種處理意見：
1.國家局的通知已經明確，生產經營中使用假冒保健食品批準文號的，可以按照《特別規定》第三條進行處罰。銷售不符合法定要求的產品的，沒收違法所得和產品，貨值金額不足5000元的，並處5萬元罰款；貨值金額5000元以上1萬元以下的，並處10萬元罰款；貨值金額1萬元以上的，處貨值金額10倍以上20倍以下的罰款；造成嚴重後果的，由原發證部門吊銷許可證、執照；構成非法經營罪或者生產、銷售偽劣商品罪等犯罪的，依法追究刑事責任。
2、依據《中華人民共和國食品安全法》第八十六條的規定處罰。違法行為的基本事實是標簽、說明書不符合《食品安全法》的規定。"食品安全法》第五十壹條第二款規定，聲稱具有特定保健功能的食品的標簽、說明書的內容必須真實，而批準文號或者生產企業名稱的虛假是最大的不真實。根據《食品安全法》第八十六條規定，這種違法行為應當沒收違法所得、違法經營的保健食品和用於違法經營保健食品的工具、設備等物品，並處罰款。違法經營的保健食品貨值金額不足1萬元的，處2000元以上5萬元以下罰款；貨值金額1萬元以上的，處貨值金額2倍以上5倍以下罰款。情節嚴重的，責令停業整頓，直至吊銷相關證照。
對假冒偽劣品種的處罰適用法律、法規的問題，基本原則是能適用法律的就適用法律，不要去找法規或較低層次的處罰依據；凡是能適用《食品安全法》的就適用《食品安全法》，不要重新考慮其他法律規定。適用特別規定的處罰金額都在5萬元以上，如何保證案件順利辦結，是執法人員面臨的最大難題。
三、關於標簽、說明書不符合法律規定的處罰
保健食品標簽、說明書不符合規定的情況較多，當前執法過程中應重點對以下壹些違法行為加大處罰力度：
壹是在標簽、說明書的內容中涉及對疾病的預防、治療功能的表述，不論是直接的還是間接的
二是標簽、說明書標註的主要原料、功效成分及含量等。,與國家批準的不相符；
三是標註的保健功能與國家批準的不相符；
四是適宜人群與不適宜人群的標註規定不壹致；
五是其他相關項目明顯違法。標簽、說明書不符合法定要求的處罰依據是《食品安全法》第八十六條。
四、關於保健食品中添加藥品的處罰
目前，需要重點關註的是，違法添加的幾類保健食品比較突出：調節血糖類、改善睡眠類、減肥類、抗疲勞類、輔助降血壓類、輔助降血脂類等。對於保健食品添加藥品違法行為的查處，要根據不同情況分別對待。
1、生產或經營企業在保健食品中添加藥品的，對於此類情況，考慮到《食品安全法》第五十條明確規定 "生產經營的食品中不得添加藥品"，按照《食品安全法》第八十六條第（四）項的規定進行處罰。
2、經營企業銷售的保健食品經檢驗含有藥品成分，目前市場上有很多號稱能夠治療疾病、提高性功能等保健食品，其中不乏將藥品添加到保健食品中，以達到其廣告中誇大的功效，增加其銷量。
對於經營企業銷售的保健食品檢驗含有藥物成分這種情況，《食品安全法》並沒有明確規定。壹種觀點認為沒有法律依據不予查處。另壹種觀點認為，保健食品中非法添加藥物的行為影響惡劣，必須嚴厲查處，可以依據《食品安全法》、《國務院關於加強食品等產品安全監督管理的特別規定》進行查處。
五、普通食品冒充保健食品的處罰
普通食品冒充保健食品的情況比較復雜，與非藥品冒充藥品的情況有些類似。對此類違法行為的處罰，必須根據違法行為的不同情節，適用相關法律規定。在查處過程中，要註意把握此類違法行為壹般具有的壹些基本特征，包裝、標簽和說明書的違法內容中，往往存在直接或間接顯示保健功能和預防、治療疾病的內容，標簽標註的原料和輔料中往往存在藥品成分，以及存在虛假宣傳、欺騙性促銷手段等。處罰壹般可區分以下兩種情形：
1、普通食品標簽、說明書等內容涉及保健功能和疾病預防、治療等功能的，依據《食品安全法》第八十七條的相關規定實施處罰。
2、在普通食品中違法添加藥物的，依照《食品安全法》第八十六條的有關規定進行處罰。壹些違法者在普通食品的標簽、說明書中雖然沒有虛假內容，但卻采取了大量虛假宣傳、欺騙性促銷手段兜售產品，執法部門將高度懷疑其產品非法添加了藥品成分，可以對其進行抽樣檢驗，然後根據檢驗結果依法處理。