（壹）將第八條第四項中“2.工商行政管理部門出具的擬辦企業核準證明文件”修改為“2.企業營業執照”。
（二）將第九條第四項中“2.工商行政管理部門出具的擬辦企業核準證明文件”修改為“2.企業營業執照”。
（三）增加壹條，作為第三十四條：“食品藥品監督管理部門制作的藥品經營許可電子證書與印制的藥品經營許可證書具有同等法律效力”。二、《互聯網藥品信息服務管理辦法》（2004年7月8日國家食品藥品監督管理局令第9號公布）
將第十三條第壹項“企業營業執照復印件（新辦企業提供工商行政管理部門出具的名稱預核準通知書及相關材料）”修改為“企業營業執照復印件”。三、《藥品生產監督管理辦法》（2004年8月5日國家食品藥品監督管理局令第14號公布）
（壹）將第五條第三項“工商行政管理部門出具的擬辦企業名稱預先核準通知書，生產地址及註冊地址、企業類型、法定代表人或者企業負責人”修改為“企業營業執照，生產地址及註冊地址、企業類型、法定代表人或者企業負責人”。
（二）將第二十八條第壹款“註射劑、生物制品（不含疫苗制品、血液制品）和跨省、自治區、直轄市的藥品委托生產申請，由國家食品藥品監督管理局負責受理和審批”修改為“藥品委托生產申請，由委托雙方所在地省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門負責受理和審批”。
（三）刪去第二十九條。
（四）將第三十條改為第二十九條，並將其中“由委托方向國家食品藥品監督管理局或者省、自治區、直轄市（食品）藥品監督管理部門提出申請”修改為“由委托方向省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門提出申請”。
（五）增加壹條，作為第五十九條：“食品藥品監督管理部門制作的藥品生產許可電子證書與印制的藥品生產許可證書具有同等法律效力”。四、《醫療器械生產監督管理辦法》（2014年7月30日國家食品藥品監督管理總局令第7號公布）
（壹）將第八條第壹項“營業執照、組織機構代碼證復印件”修改為“營業執照復印件”。
（二）將第三十條第二款第二項“委托方和受托方企業營業執照和組織機構代碼證復印件”修改為“委托方和受托方企業營業執照復印件”。
（三）將第三十二條第壹款第壹項“委托方和受托方營業執照、組織機構代碼證復印件”修改為“委托方和受托方營業執照復印件”。
（四）增加壹條，作為第七十二條：“食品藥品監督管理部門制作的醫療器械生產許可電子證書與印制的醫療器械生產許可證書具有同等法律效力”。五、《醫療器械經營監督管理辦法》（2014年7月30日國家食品藥品監督管理總局令第8號公布）
（壹）將第八條第壹項“營業執照和組織機構代碼證復印件”修改為“營業執照復印件”。
（二）增加壹條，作為第六十六條：“食品藥品監督管理部門制作的醫療器械經營許可電子證書與印制的醫療器械經營許可證書具有同等法律效力”。六、《蛋白同化制劑和肽類激素進出口管理辦法》（2014年9月28日國家食品藥品監督管理總局 海關總署 國家體育總局令第9號公布）
（壹）將第四條第四項“進口單位的《藥品經營許可證》、《企業法人營業執照》、《進出口企業資格證書》（或者《對外貿易經營者備案登記表》）、《組織代碼證書》復印件；藥品生產企業進口本企業所需原料藥和制劑中間體（包括境內分包裝用制劑），應當報送《藥品生產許可證》、《企業法人營業執照》、《組織代碼證書》復印件”修改為“進口單位的《藥品經營許可證》、《企業法人營業執照》、《進出口企業資格證書》（或者《對外貿易經營者備案登記表》）復印件；藥品生產企業進口本企業所需原料藥和制劑中間體（包括境內分包裝用制劑），應當報送《藥品生產許可證》、《企業法人營業執照》復印件”。
（二）將第五條第五項“接受使用單位委托代理進口的，還需提供委托代理協議復印件和進口單位的《企業法人營業執照》、《進出口企業資格證書》（或者《對外貿易經營者備案登記表》）、《組織代碼證書》復印件”修改為“接受使用單位委托代理進口的，還需提供委托代理協議復印件和進口單位的《企業法人營業執照》、《進出口企業資格證書》（或者《對外貿易經營者備案登記表》）復印件”。
（三）將第十五條第六項“出口企業的《企業法人營業執照》、《進出口企業資格證書》（或者《對外貿易經營者備案登記表》）、《組織代碼證書》復印件”修改為“出口企業的《企業法人營業執照》、《進出口企業資格證書》（或者《對外貿易經營者備案登記表》）復印件”。