2007年3月，“穴位敏化臨床研究”項目被江西省政府授予江西省科技進步壹等獎，實現了江西省科技進步壹等獎20多年來的突破。
新灸法已在全國27個省市和江西省50個市縣的醫療機構推廣應用。醫院還建立了“針灸世界”網站，向全世界推廣新的灸法，收到了良好的社會效益，正在改善我國灸法的臨床狀況。2010年9月29日，醫院在上海世博會國際信息發展網絡管理辦公室舉辦“中華熱敏灸”主題日活動。作為全國唯壹壹家醫院，於2010在上海世博會舉辦了推進中醫藥原創技術主題活動，引起了國家中醫藥管理局、江西省人民政府以及國內外新聞媒體的高度關註。副省長謝茹、國家中醫藥管理局副局長李大寧與聯合國開發計劃署執行機構羅馬總幹事丹尼爾·巴裏歐共同啟動了“中國熱敏灸日”和“中國熱敏灸全球啟航儀式”。省科技廳、省教育廳、省衛生廳、省美國食品藥品監督管理局等政府部門領導出席了開航儀式。新華社、人民日報、科技日報、解放日報、中國中醫藥報、大公報、江西日報、jtv、江西健康報等20余家新聞媒體。，對其進行了報道，為振興艾灸學術領域，推動中醫走向世界做出了積極貢獻。同時設立國醫堂，邀請院內外、省內外名老中醫坐診，設立中醫特需治療科，開展中醫美容、中醫洗浴、針灸減肥等特色服務。醫院堅持以醫療促進科研、提高教學質量、以科研提升醫療服務水平、推動重大科技創新成果產業化發展的“四位壹體”發展模式，取得了顯著成效，中醫藥科技成果轉化取得豐碩成果。
2010年，醫院申報國家中醫藥管理局重點學科3個，到位建設資金714萬元。成功申報省級中醫藥高水平學科1個，建設資金1萬元，成功申報國家中醫藥研究標準推廣基地，國家投入建設資金1萬元，成功申報中醫藥碩士學位授權壹級學科。針灸推拿學兩個“十壹五”省級重點學科和省級示範碩士點建設紮實推進。嚴格按照GCP要求規範藥物臨床研究。全年申報國家自然基金、省自然基金、科技支撐計劃等省級以上科研項目30余項，獲批7項(國家自然基金3項)；申報廳級科研項目50余項，立項28項，其中重點項目2項。全年評審科研成果2項，申報省級科技進步獎2項，其中1已通過專家評審。各級項目完成情況良好，高等級項目驗收合格率100%。在國際知名期刊發表研究論文兩篇，影響因子2.02，實現了我院中醫臨床高等級論文SCI零的突破。
醫院是國家美國食品藥品監督管理局中藥臨床藥理研究基地。醫院與姜鐘集團共同研發了首批受保護的中藥“復方草珊瑚含片”、國家新藥“復方瓜子金含片”和咽喉、嗓音保健制劑“良喉胖大海清咽糖”、“桑寶顆粒”、“金嗓茶顆粒”，分別獲得國家級、省級生產證書和國家藥品保護證書，獲得國家發明專利1項。“清喉清喉糖”獲江西省科技進步二等獎、江西省優秀新產品壹等獎、南昌市科技進步二等獎。針灸康復科
本學科的特點是傳統針灸、推拿與現代康復治療相結合。江西省中醫院針灸科是衛生部國家臨床重點專科、國家中醫藥管理局重點學科、國家中醫藥管理局重點專科、國家中醫藥管理局腰痛協作組領導單位。其對應的針灸推拿專業是教育部特色專業、江西省首批示範性碩士專業學位點、江西省首批品牌專業、江西省龍頭專業、江西省重點專業、江西省中醫藥特色專業、江西省南方艾灸中心。“熱敏灸”課題獲2008年中國針灸學會科技進步二等獎(壹等獎空缺，二等獎排名第壹)、江西省科技進步壹等獎。擁有“熱敏灸三級實驗室”和“熱敏灸重點實驗室”兩個省級研究平臺。近年來，在陳日新教授的帶領下，我院熱敏灸研究團隊先後承擔了國家重大基礎研究發展計劃(973計劃)、國家自然基金、國家“十壹五”科技支撐計劃、國家行業項目、江西省重大科研項目、省自然基金等省級以上重大科研項目20余項，獲得科研經費近2000萬元。本學科的特點是傳統針灸、推拿與現代康復治療相結合。對國內外婦女兒童的各種疑難雜癥有獨特療效。主治中風偏癱、外傷性截癱、面癱、面肌痙攣、失眠、三叉神經痛、偏頭痛、頸椎病、腰椎間盤突出、膝骨關節炎、肩周炎、類風濕性關節炎、軟組織損傷、肌筋膜炎、胃動力障礙、慢性腹瀉、功能性便秘、支氣管哮喘、過敏性鼻炎、耳鳴、耳聾、月經不調、痛經、慢性盆腔炎、男性性功能。同時，通過綜合運用現代康復治療手段，改善肢體運動、感覺知覺、言語等功能。
急診科
該科是國家重點專科，國家中醫藥管理局中醫中西醫結合急診臨床基地，外感發熱診療重點單位，江西省中西醫結合急診醫學中心。實行24小時咨詢。配備先進的醫療救護和監護設備，采用中西醫結合的方法對高熱、昏迷、休克、重癥哮喘、急腹癥、各種急性出血、呼吸困難、急性心力衰竭、心絞痛、心肌梗塞、高血壓腦病、腦出血、腦梗塞、急性過敏性疾病、各種急性中毒、中暑、溺水、電擊傷等意外和復合傷、骨折進行救治。
肺病科
本科室是國家中醫藥管理局重點學科，國家中醫藥管理局重點專科，國家臨床藥物研究基地(中醫藥)，全國中醫肺病應急協作組成員單位，江西省中醫醫學中心。獲得國家專利局發明專利3項，開發中藥新藥2項(小娟片、東灣止咳顆粒)。主要治療和治療支氣管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺心病、支氣管擴張、肺間質纖維化、社區獲得性肺炎、肺膿腫、急慢性呼吸衰竭、肺癌、胸腔積液、氣胸、睡眠呼吸暫停低通氣綜合征等疾病。
脾胃肝膽疾病科
本科室為省級中醫治療胃腸、肝膽胰疾病專科(其中消化性潰瘍為省級中醫重點病種，肝硬化為院級重點病種)，是國家血吸蟲病肝病平臺建設單位，江西省中醫肝病、脾胃病學術研究領導單位。
主要運用中醫藥和中西醫結合方法診治胃腸肝膽疾病，包括食管炎、胃炎、胃癌癌前病變、胃及十二指腸潰瘍、各種急慢性肝炎、肝硬化(包括血吸蟲性肝硬化)、各種頑固性腹水、急慢性膽囊炎、膽石癥、急慢性胰腺炎、消化道出血、潰瘍性腸炎、各種原因引起的慢性腹瀉、功能性消化不良等。開展消化內鏡介入治療，如胃腸息肉高頻電凝、食管靜脈曲張結紮術及硬化劑治療、內鏡逆行胰膽管造影術、內鏡括約肌切開術、膽石癥等。
腦病科
該科是壹個治療中樞和外周神經疾病和肌肉疾病的科室，其疾病譜包括:腦部疾病，包括腦出血和腦梗塞、腦動脈硬化、各種癡呆、腦炎、腦膜炎、腦血管炎、帕金森病、舞蹈病、抽動障礙、肝豆狀核變性、癲癇、多發性硬化等。脊髓和周圍神經疾病:急性脊髓炎、脊髓蛛網膜炎、脊髓亞急性聯合變性、脊髓血管病、糖尿病性脊髓病、脊髓損傷和多發性神經病、糖尿病性神經病、三叉神經痛、面癱和舌下神經痛；肌肉疾病:重癥肌無力、進行性肌營養不良、肌炎；頭痛、肌肉痛、腰腿痛、頭暈、耳鳴、失眠、聽力下降、暈厥、口齒不清、抑郁等各種疼痛。
科室擁有呼吸機、多功能心電監護儀、顱骨鉆孔、抽血儀等搶救危重病人的先進設備。此外，它還配備了針灸治療師、技能車和紅外治療儀，用於中風患者的康復。
心臟科
本科室為省級中醫重點專科，碩士學位授權點。這個科室有很多急、危、重癥。根據幾十年的臨床經驗，該科總結了壹套心血管疾病(如冠心病、心絞痛、心肌梗死、高血壓、風濕性心臟病、心肌病、心肌炎、心力衰竭、心律失常、血脂異常、動脈硬化、失眠、自主神經功能障礙、外周血管疾病等。)以中醫和中西醫結合治療為主。中醫屬於胸痹、心悸、水腫、頭暈、頭痛、心痛、哮喘綜合征、痰飲等系列方劑。尤其在治療冠心病、心律失常、心力衰竭、高血壓、高血脂等疾病方面具有獨特的優勢。
腎臟科
這個科室是江西省腎病中醫醫療中心，慢性腎功能不全是省級中醫重點病種。本科室以中醫為主，中西醫結合診治急慢性腎炎、腎盂腎炎、腎病綜合征、高血壓腎病、糖尿病腎病、狼瘡性腎炎、尿酸性腎病、紫癜性腎炎、慢性腎功能不全、尿毒癥、尿路感染、尿路結石、前列腺炎等疾病。開展中藥內服、灌腸、中藥註射液靜脈滴註治療慢性腎炎、慢性腎功能衰竭等疾病。在全省率先開展血液透析和腹膜透析。本科室醫療設備先進，有德國、日本進口的血液透析機、濾過機、心電監護儀、全自動結腸透析機等。
血液和糖尿病系
該科為省級中醫重點專科，糖尿病為省級中醫重點專科疾病。中藥和中西醫結合主要用於治療各種內分泌疾病，特別是糖尿病及其慢性並發癥、甲亢(甲減)，如中藥外洗、熏洗、靜脈註射治療糖尿病神經病變和糖尿病足，中藥結腸透析治療糖尿病腎病和慢性腎功能不全。對糖尿病患者的早期強化治療、糖尿病酮癥酸中毒、糖尿病高滲綜合征等急性並發癥的治療、糖尿病患者的圍手術期治療有獨特的經驗。運用中醫藥治療血液病具有獨特優勢，重點治療慢性血液病，尤其是再生障礙性貧血、各種難治性貧血、各種血小板減少癥、急慢性白血病、溶血性貧血、骨髓增生異常綜合征，總結出療效較好的中西醫結合治療方案。
風濕科
該科是江西省最早成立的風濕科，是省級重點中醫專科中心，國家重點風濕病專科。該科對類風濕性關節炎、風濕熱-類風濕性關節炎、成人斯蒂爾病、多發性肌炎/皮肌炎、系統性紅斑狼瘡、系統性硬化癥、幹燥綜合征、強直性脊柱炎、反應性關節炎、銀屑病關節炎、炎性腸病、骨關節炎、紅斑性肢痛癥、神經性關節病、雷諾氏綜合征、高尿酸血癥、痛風性關節炎、頸椎病、腰椎間盤突出癥、骨關節炎、類風濕性關節炎、類風濕性關節炎有療效。巨細胞動脈炎、結節性多動脈炎、韋格納肉芽腫、過敏性肉芽腫性血管炎、筋膜炎、混合性結締組織病等風濕性免疫疾病采用中西醫結合治療，突出中醫特色，在辨證的基礎上內外結合，形成獨特的診療特色。對不明原因發熱、不明原因肝腎功能障礙、不明原因肺纖維化或肺間質病變的診治積累了豐富的經驗。
腫瘤科
本科室擅長治療肺癌、肝癌、胃癌、結直腸癌、食道癌、鼻咽癌、乳腺癌、卵巢癌、惡性淋巴瘤等癌癥。由於惡性腫瘤的主要治療方法如手術、放療、化療等毒副作用大，往往對患者的身體造成極大的破壞。該科根據中醫基礎理論，倡導“以人為本”、“帶瘤生存”的理念，充分發揮中醫藥扶正抗癌的特點，采用口服、外敷、直腸給藥、靜脈滴註、瘤內註射等不同劑型、多種給藥方式。或不適於手術、化療或放療等常規治療的患者，明顯緩解患者臨床癥狀，改善患者免疫功能，提高生活質量，延長生存時間。
婦科
本科室是國家級重點中醫專業，省級特色專業。診療範圍涵蓋婦女月經、陰道、胎兒、產科疾病及婦科雜病。
該科主要診治月經疾病，如崩漏、閉經、痛經、更年期綜合征等；女性生殖部位炎癥，如白帶過多、外陰炎、陰道炎、宮頸炎、附件炎、盆腔炎等；妊娠疾病，如先兆流產、習慣性流產、妊娠嘔吐、異位妊娠和妊娠高血壓綜合征；產後疾病，如產後惡露不絕、產後發熱、哺乳期乳腺炎、乳腺小葉增生等；疑難病，如不孕癥、子宮內膜異位癥、子宮肌瘤、卵巢囊腫等。並進行人工流產、藥物流產、引產；腹腔鏡治療女性不孕癥、異位妊娠和卵巢囊腫；子宮肌瘤和卵巢囊腫的開放手術；不孕癥的介入治療等。
該科註重中醫特色的傳承，應用了針灸、熱敏灸、耳穴貼壓、中藥內服、外敷等多種傳統方法，在上述疾病的診治中獨具特色。
兒科學
該學科已有50年歷史，現為江西省重點專科院校。本科室充分發揮中醫特色，結合現代醫學診療手段，對小兒腦癱、過敏性紫癜、哮喘的診治有獨特經驗。目前，兒童腦癱、過敏性紫癜已成為省級專病。該系承擔了數十項國家級、省級和部門級科研項目。為碩士生、本科生、函授學生編寫幾本標準化教材。該科診治的疾病範圍包括:呼吸系統、消化系統、神經系統、結締組織免疫系統、兒童感染性疾病。科室的品牌特色病是腦癱，純中醫治療，優勢明顯，吸引了全國各地的孩子前來就診。
歪壹顆
該科對肺癌、食道癌等胸部惡性腫瘤有完整的治療方法，可采用手術、化療、中藥治療。對胸部創傷、食管、賁門、肺部疾病、縱隔疾病、胸部畸形的診治有豐富的臨床經驗。特別是結合心血管疾病、內分泌疾病、消化系統疾病、營養不良等高危疾病，優勢明顯。該科在省內率先引進世界上最先進的縱隔鏡檢查技術，在國內先進省份處於領先地位，為壹大批疑難縱隔疾病和多汗癥患者帶來福音。縱隔鏡微創根治手汗癥在我省尚屬首例。
該科以中西醫結合治療體表、甲狀腺、乳腺、胃、腸、肝、膽、脾、胰疾病或腫瘤為主，可開展膽石癥、胃癌根治術、全胃切除術、肝切除術、門靜脈高壓分流斷流術、胰十二指腸切除術、乳腺癌根治術及整形外科、雙側甲狀腺切除術、甲狀腺癌頸部大面積切除術等大中型手術。
威爾克
本科室以中西醫結合治療顱腦外傷和神經康復為特色，將非手術治療與手術治療相結合，開展微創手術、開顱血腫清除術、小骨窗血腫清除術、顱內腫瘤、顱骨腫瘤、頭皮腫瘤、椎管內腫瘤等手術治療高血壓腦出血；中西醫結合治療腦外傷後遺癥、中風、腦積水和癲癇。
本科室以中西醫結合為特色，治療腎上腺疾病、泌尿系統(腎臟、輸尿管、膀胱、尿道)疾病和男科(睪丸、附睪、精索、輸精管、精囊、前列腺)疾病。行保留恥骨後尿道粘膜的前列腺增生切除術、回腸代膀胱術和腹腔鏡泌尿外科手術。
本科室的特點是將現代內鏡技術與中醫相結合，診治普通外科疾病，包括腹腔鏡治療胃腸疾病、肝膽疾病(內鏡微創膽囊切除術等)。)，腹外疝，闌尾炎等等。尤其擅長肝內外膽管結石的治療，術中術後使用膽道鏡，取石徹底。
外桑克
該科是國家中醫藥管理局重點專科專病科。它以中醫中藥為主要方法，治療毒蛇咬傷、疥瘡、褥瘡、糖尿病足等各種體表頑固性潰瘍，血栓閉塞性脈管炎、動脈硬化閉塞癥等周圍血管疾病。采用中西醫結合的方法治療牛皮癬、慢性濕疹、紅斑狼瘡、皮肌炎、硬皮病、重癥藥疹等各種疑難皮膚病。
骨科1
該科為國家“十壹五”重點專科疾病，江西省骨科醫學中心，“骨關節炎”為江西省省級中醫重點專科疾病。本科室采用中西醫結合的方法診治骨關節疾病，如:采用中醫正骨手法和小夾板外固定治療各種創傷性骨折脫位。中西醫結合治療關節附近嚴重粉碎性及復雜骨折、痛風性關節炎、強直性脊柱炎、骨與關節結核、骨髓炎、骨腫瘤等疾病。在全省率先開展人工全膝關節置換術，成功開展人工全髖關節置換、全膝關節置換、骨盆骨折內固定、胸(腰)椎骨折、骨關節畸形矯正等手術。
骨科二科
本科室的主要臨床任務和研究方向是四肢骨關節創傷的診斷和治療，積累了大量的研究成果和臨床經驗。中西醫結合診治四肢骨關節損傷、創傷急救和軟組織損傷(包括手外傷和臂叢等周圍神經損傷)、骨盆和髖臼骨折、陳舊性骨折、復雜關節內骨折等疾病。采用現代骨科手術器械和配套手術設備治療四肢等關節損傷，其手術方法、技術和療效達到省內先進水平。現已發展成為我省集科研、臨床、教學為壹體的臨床研究骨科基地。
骨科和創傷學
本科室是國家重點專科和江西省中醫骨傷科醫學中心。椎動脈型頸椎病是國家重點專病。在頸椎病、腰椎間盤突出、椎體骨折脫位、骨質疏松、腰椎管狹窄、骨關節炎的治療方面處於省內領先水平。對治療股骨頭壞死、肩周炎、腰扭傷、腰肌勞損、坐骨神經痛、骨質增生、骨折延遲愈合及不愈合有獨特的經驗。能運用理療、熏蒸、蠟療、熱敏灸、牽引、傳統手法、小夾板技術等中西結合的方法治療各種骨傷疾病；可進行臭氧、射頻熱凝等微創方法治療頸椎病、腰椎間盤突出等疾病；成功開展頸椎前後路、腰椎間盤突出、椎體骨折、人工關節置換等高難度骨科手術。
肛門直腸的
該科成立於1959，是江西省歷史最悠久、規模最大的中醫肛腸專科。治療方法齊全，中醫特色獨特，是江西省醫學龍頭專業，江西省中醫重點專業。
該科突出中醫特色，應用消痔靈註射液治療內痔、混合痔。內痔的結紮療法；內痔分段縫紮術治療環狀內痔:外切內紮半閉鎖皮橋成形術治療環狀混合痔:外切開內掛線術治療高位肛瘺:肛裂擴大術；硬化劑註射加肛門收縮治療直腸脫垂:環狀混合痔外切除內結紮(內註射)；肛門狹窄擴大；肛周膿腫壹次性根治術；中藥保留灌腸治療結腸炎在省內居領先地位，達到國內先進水平。
眼科學
本科室是江西省中醫眼科和中西醫結合眼科的醫療、教學和科研中心。擁有各種先進的診療設備。在眼科疑難病的中醫診療方面積累了豐富的臨床經驗，尤其對眼角膜疾病和眼底病的中醫辨證論治與針灸治療相結合在省內享有較高聲譽。
有眼底病、白內障、青光眼、兒童斜弱視、驗光等專科。長期開展眼底熒光血管造影等檢查，YAG，眼底，淚道等激光治療，白內障超聲乳化，玻璃體切割等手術。
耳鼻喉科
本系為江西省重點院校，設有語音言語聽力醫學研究所。在咽喉、嗓音、鼻腔、鼻竇疾病以及耳前瘺管、耳鳴耳聾、梅尼埃病、鼻咽癌、面癱等疾病的防治方面達到國內先進水平。特別是在運用現代微創外科技術治療咽喉、嗓音、鼻腔、鼻竇、耳部疾病時，謝氏圍手術期平衡康復療法能增強患者對手術的適應能力，使手術安全順利進行。術後謝的術後康復治療可以加速手術創傷的修復，避免疾病的復發。謝氏針刺營微創針刀療法治療扁桃體炎、咽炎獨具特色。
口腔科
該科開展拔牙、補牙、嵌牙、光固化、口腔矯正(兒童錯牙合畸形矯正)、烤瓷修復及口腔科常見病診療等手術。開展齲齒(俗稱齲齒)、急慢性牙髓炎、急慢性牙周炎、牙周病(急慢性牙齦炎、牙周炎等)的治療。)、口腔頜面部炎癥、良性腫瘤和軟組織創傷修復。特別要重視中醫藥治療口腔黏膜疾病的優勢。
國醫堂
又名江西名醫工作室，聚集了江西南昌33位名老中醫、學術權威和壹批有學術成就、有專長的中年專家，其中博士生導師11人，國務院津貼獲得者12人，江西省名老中醫14人。有內科，外科，耳鼻喉科，婦科，兒科，骨科。科室堅持突出中醫藥特色和品牌優勢。
2009年，中醫堂榮獲首屆全國優秀名醫工作室的光榮稱號。