壹、項目申報立項過程
日本地調局的項目立項需要說明幾方面內容: 壹是立項的動機; 二是研究成果的技術經濟價值以及實用性; 三是研究項目的成功率; 四是是否有合適的項目負責人等等。項目雖然來源於不同渠道，但是申請項目的周期都是壹樣的，大約需壹年，由前壹年的 4 月份開始，4 ～ 6 月份編寫項目申請計劃書，工作內容及工作量主要靠專家審定，經費則由會計來計算。因為申請項目就是申請預算，所以計劃書中要詳細列出項目經費中研究費用和差旅費清單，如研究費中所包括的設備型號、合同工人數、天數、特殊藥品清單等，甚至出差地點及出差人數和天數都要寫清楚，因為項目壹旦確定，各項工作就必須嚴格按照計劃書去實施，幾乎是不可變動。項目申請計劃書在所內經過專家審定後於 6 月底報工業技術院。工業技術院審核後必須在 8 月 15 日前報到通商產業部，通商產業部認可後再去找財政部協商落實項目經費。
二、項目管理責任制
日本地調局的項目管理主要實行項目責任制，在申請立項時就確定了項目負責人，整個項目便由其全部負責。項目在執行過程中，項目負責人須定期提交項目進展報告書並根據項目進展情況召開中間報告會，中間報告會主要是對前期工作進行評價和討論項目執行過程中產生的問題。項目結束時，必須提交最終報告書，並從經濟和技術的角度對項目進行綜合評價，確定研究成果的實用性。為使研究成果廣泛普及，還召開不同形式的最終報告會。這些報告會的形式基本上是公開的，有的甚至公告於眾，邀請學術界、產業界以及政府部門的有關人員參加。所內的高層管理人員除所長和壹名副所長外，還設壹名首席研究官和壹名綜合研究官。首席研究官主要負責指導、管理重要課題; 綜合研究官負責檢查研究項目，了解研究成果。
三、項目經費管理
日本地調局的項目經費全部來自政府預算，但也是多渠道的。人員工資和大約40%的項目經費來自通商產業部，30%的項目經費來自科技廳。此外還從環境廳和政府的新技術研究經費 ( 即政府批準的 “科學技術基本計劃”) 中申請項目。年度財務報告由會計事務所審定，日本地調局總務部匯總後逐級上報到國家財政部。對項目經費使用的監督管理主要依靠社會中介組織，年度結算報告由會計事務所審定即可。所有項目經費必須專款專用，嚴禁挪作他用，節余費用上繳財政。
四、項目管理的特點
日本政府非常重視立項，主要原因是項目的立項基礎來源於社會的需求。首先是由專家、教授以及社會團體向政府提出項目建議。針對這些建議，政府以組織專家委員會等形式召集各有關部門反復征求意見論證後確定。每年從 4 月開始，層層申報、審查、論證，直到次年 4 月 1 日 ( 財政年度起始日) 前，財政部下達經費預算，項目才開始實施。項目質量監控主要靠研究人員自身的信譽，成果驗收主要以公開報告會的形式進行，只要所立項目符合國家經濟發展和社會的需求，成果就會得到社會的承認。