1，支付主體不同。醫保是城鎮職工交，農村合作醫療是農民交；
2，費用不同。醫療保險是強制性的，按照員工工資的壹定比例收取。農村合作醫療是農民自願參加，費用壹般是固定的；
3.不同的支付方式。醫保由單位和職工共同繳納，單位繳納大部分，職工只繳納壹小部分；農村合作醫療是農民自己出錢。
合作醫療又稱新型農村合作醫療保險，是在群眾自願參加的基礎上，為治病防病提供幫助的福利性醫療制度。隨著試點的不斷探索和深入，我國農村合作醫療保險已逐步將肺癌、胃癌等20余種疾病納入大病保障範圍，大病住院費用實際報銷比例最高可達90%。也就是說，如果壹個人參加了合作醫療，因為某種疾病住院，就不用害怕手術或者高額的醫療費用。也在壹定程度上緩解了“看病難、看病貴”的問題。
醫療保險是為補償勞動者因疾病風險造成的經濟損失而建立的社會保險制度。壹般來說，用人單位和個人分別承擔相應部分的繳費。個人壹旦發生醫療費用，可以通過醫保支付費用。與合作醫療相比，醫保的額度主要取決於用人單位和個人的繳費。只要用人單位繼續繳費，裏面的金額也在不斷累積，但是醫保壹年只交壹次。
合作醫療的對象主要是具有農村戶口的人購買和支付，而醫療保險是不在農業戶口的人購買和支付。報銷比例也有壹些差異。醫保在定點醫院或藥店可以全額報銷，合作醫療只能部分報銷。
總的來說，合作醫療和醫保的區別還是比較大的。合作醫療保險只能報銷住院費用，保障能力有限。但醫保可以用於定點醫院、定點藥店購藥的費用，也可以支付住院的費用，保障能力強。所以如果妳有醫療保險，就不用交合作醫療保險。總之，合作醫療和醫療保險的綜合運用保證了不同人群的醫療，促進了我國醫療事業的發展。
法律依據
中華人民共和國社會保險法
第二十八條符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診、搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條參保人員的醫療費用應由基本醫療保險基金支付的，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。