辦公室綜合協調機關政務和行政事務工作；負責重大衛生政策、重要政務工作和領導批示辦理事項的督促查辦；負責綜合文稿、新聞宣傳、政務公開、文電辦理、政務信息、會務組織、機要保密、檔案管理、信訪接待、計劃生育、安全保衛、值班等工作；組織辦理人大代表建議和政協提案；負責管理機關電子政務、衛生信息化工作和網站建設；負責機關安全生產工作，綜合協調局屬事業單位安全生產監管工作。
人事科組織制定全市衛生人才發展規劃和政策並組織實施；指導衛生事業單位人事制度改革；負責機關和局屬事業單位人事、機構編制管理工作；負責局屬事業單位高級知識分子的管理和衛生系統學科帶頭人的選拔、培養工作；組織指導衛生管理幹部崗位培訓工作；負責市直醫療衛生單位的人事和機構編制監督管理；負責全市中等衛生專業學校畢業生就業指導工作；組織開展衛生系統的表彰工作；指導醫學群眾社團的管理工作。
規劃財務審計科制定全市衛生事業發展總體規劃，統籌規劃和協調全市衛生資源配置，指導區域衛生規劃的編制實施和評價工作；指導規範全市衛生系統財務、資產管理和內部審計工作；提出醫療衛生服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策、制度標準和定額的建議；擬訂藥品、醫療器械和衛生材料采購相關規範；監督管理市直醫療衛生單位的國有資產；負責市直醫療衛生單位的財務、基本建設、大型醫用設備的監督管理和內部審計；指導全市大型醫用設備審批或核準工作；負責全市衛生統計管理工作；負責機關財務和國有資產管理工作；協調國外衛生貸款（贈款）的引進、利用和償還工作；指導市直醫療衛生單位的後勤社會化管理工作。
衛生應急辦公室（突發公***衛生事件應急指揮中心）擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織協調對突發公***衛生事件和其他突發事件實施預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病的防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
疾病預防控制科（市愛國衛生運動委員會辦公室）制定全市重大疾病防治規劃和嚴重危害人民健康公***衛生問題的幹預措施並組織實施；制定傳染病、地方病、職業病和慢性非傳染性疾病及與公***衛生相關疾病的防治規劃並組織實施；組織落實國家免疫規劃及政策措施；制定公***營養規劃，管理營養性疾病的防治工作；完善重大疾病防控體系，預防和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作。承辦市愛國衛生運動委員會和市地方病防治領導小組的具體工作。
農村衛生管理科承擔全市農村基本衛生保健和新型農村合作醫療綜合管理工作；制定有關政策、規劃並組織實施；指導全市農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策落實，負責全市新型農村合作醫療的政策制定、組織實施、運行監管、技術指導、總體評價和信息化建設工作。
婦幼保健與社區衛生科制定全市婦幼衛生、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。
醫政科負責制定全市醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構等有關政策、規劃、規範、標準並組織實施；建立醫療質量管理控制體制和體系；制定醫務人員執業標準和服務規範；依法負責醫療新技術的準入和管理；負責采供血和臨床用血監督管理；指導臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等工作；負責組織實施《中華人民***和國獻血法》和《河南省實施辦法》，推動無償獻血工作；參與藥品、醫療器械臨床實驗管理；負責受理二級以上醫療事故鑒定申請和醫療糾紛調解；負責組織開展衛生扶貧和衛生下鄉等工作；參與突發事件的醫療救治工作；協助相關部門做好招生和征兵體檢工作。
食品安全綜合協調與衛生監督科承擔食品安全綜合協調工作；組織查處食品安全重大事故；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；承擔重大食品安全信息發布工作。負責企業標準備案工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和消毒產品、涉及飲用水衛生安全產品的監督管理；負責公***場所、飲用水的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場；組織查處違法行為；組織查處重大醫療衛生違法案件。主持重大行政處罰和行政許可事項聽證；承擔行政復議和行政訴訟工作；指導行政處罰案卷的規範；組織開展衛生法制宣傳教育工作。
行政審批服務科（藥物政策與基本藥物制度科）負責醫療機構（含中醫院）審批和醫療廣告審核；負責醫師、護士註冊與管理；負責生活飲用水、放射診療、公***場所衛生許可證的審批；負責母嬰保健技術服務許可證及考核合格證的審批。承擔全局其他新增行政審批項目的辦理。組織實施國家藥物政策和基本藥物制度；組織落實國家基本藥物配備和使用的政策措施；指導醫院藥事管理和醫療機構合理用藥；負責基本藥物制度推廣宣傳教育工作。
科技教育科制定全市醫藥衛生科技發展規劃並組織實施；負責重點醫藥科研項目、醫學重點學科、臨床特色專科的管理；組織實施醫藥衛生科研攻關項目，指導醫藥衛生科技成果的推廣和應用工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；擬訂醫學教育發展規劃並組織實施；負責成人醫學教育管理工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作。
保健科（市保健委員會辦公室）擬訂全市保健工作規劃並組織實施；指導開展全市幹部保健工作；負責市保健委員會確定的保健對象的醫療保健和預防保健工作；負責重點保健對象的日常保健、醫療就診和病情報告的統壹管理；負責市直機關離休幹部醫療經費的管理工作；負責保健對象的健康體檢、健康教育、重大會診和搶救工作；負責重大活動、重要會議以及各級領導、重要外賓在周期間的醫療保障工作；承擔市保健委員會具體工作。
中醫科（市中醫管理辦公室）擬訂和實施全市中醫事業發展規劃和年度計劃；組織制定和實施中醫醫療、保健、康復、護理及臨床用藥等方面的管理規範和技術標準，管理各類中醫、中西醫結合機構，對其他醫療機構的中醫業務進行指導；制定中醫藥科技發展規劃並組織實施；指導中醫藥科研機構和重點實驗室建設，組織中醫藥重大科研課題的協作攻關和重大科研成果的鑒定和推廣；組織中醫藥學術交流和科技合作；會同有關部門制定和組織實施中醫藥教育及人才隊伍建設規劃，負責中醫藥繼續教育、職業技術教育、成人教育、師承教育及基層中醫藥人員業務培訓的宏觀管理工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨務工作。
離退休幹部科負責機關離退休老幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。