壹般情況下，已超過認證抵扣期限的增值稅發票，在發票開具沒有錯誤的情況下，是不允許退還給賣方重新開具的。增值稅發票只能作為記賬的原始憑證，其增值稅進項稅額不再抵扣，與價款壹起計入相關成本費用。因此，丟失發票超過認證抵扣期限的，不能再按照國稅發[2002]10號的規定操作，因為不允許抵扣。但是我不能理解稅務部門的處理方式。
1.根據妳所說的“由於之前會計失職，我們沒有提取對方開的發票，導致發票丟失”，證明妳企業沒有將貨物計入“原材料”科目，即使已經計入了“原材料”科目，但是采購原材料的原始發票沒有附在會計憑證上，進項稅肯定是沒有抵扣的(因為沒有認證)，所以根本不需要補稅。
二、繳納增值稅壹般有兩種情況。壹、應計收益但未計收益的會計處理:
當提高稅收時
借記:應收賬款等相關科目。
貸款:主營業務收入
貸:應交稅費-應交增值稅(銷項稅額)
納稅時:
借:應交稅費-應交增值稅(已交稅費)
貸款:銀行存款
二、進項稅不應抵扣，但應轉出進項稅並核算:
外出時
借:相關成本費用科目(如在建工程)
貸:應交稅費-應交增值稅(轉出的進項稅額)
納稅時
借:應交稅費-應交增值稅(已交稅費)
貸款:銀行存款
所以，如果沒有抵扣的增值稅流失了，根本不涉及收入的入賬和進項稅的轉移。
第三，我要處理。從賣方處抄發票賬，作為記錄原材料(總價和稅)的原始憑證。這部分原材料生產銷售後自然會實現銷項稅。因此，在增值稅中，企業實現了銷項稅，但沒有扣除相應的進項。
企業所得稅方面，稅務機關不承認復印件為原始憑證的，可以在所得稅匯算清繳時調整應納稅所得額，征收所得稅。但無論如何都沒有理由交增值稅，而且是170*1.2。