促腎上腺皮質激素（ACTH）、腎上腺皮質激素以及磺胺藥，為目前控制本病最有效的藥物。
（1）腎上腺皮質激素和ACTH。適用於結腸病變廣泛的急性期和嚴重病例，每日ACTH20 ～ 40 單位加入5% 葡萄糖溶液500ml 中靜脈滴註（約8 小時滴完），或ACTH 乳劑80 ～ 1000 單位皮下註射；每日氫化可的松100 ～ 300mg 加入5% 葡萄糖溶液500ml 中靜脈緩慢滴註，通常2 周為壹療程，或口服潑尼松或潑尼松龍每日20 ～ 80mg。經以上劑量治療，取得滿意療效後，宜逐漸減量，至維持量時，可每晨或隔日壹劑，壹般服用潑尼松。待病變完全或基本消退，然後在1 ～ 3 個月內逐漸減量直至停用。
為了避免長期全身應用腎上腺皮質激素而引起不良反應，對病變局限於直腸和乙狀結腸遠端的較輕型病例，可局部給藥。輕癥病例和降結腸病變的病例，可采用註射用琥珀酸鈉氫化可的松100mg或註射用潑尼松龍20mg 加生理鹽水，保留灌腸，睡前1 次，癥狀控制後改為每周2 ～ 3 次，療程1 ～ 3 個月。國外報道用本法治療遠端結腸炎，有效率為75%；國內使用激素或加中藥灌腸，療效有所提高。直腸病變嚴重的病例可采用含氫化可的松10mg 的抗菌藥物栓劑，每日兩次納入肛門，每次1 支；也可作灌腸治療，但易發生直腸痙攣，不易保留，可於藥液中加入普魯卡因，或用糖皮質激素泡沫劑有助於藥液保留。
（2）抗感染藥物。首選柳氮磺胺吡啶（SASP），本藥的治療機制，主要是口服後被結腸細菌分解為磺胺吡啶（SP）與5- 氨基水楊酸（5-SAS），前者重新吸收代謝後從尿排出，而後者則在腸道內發揮消炎作用，此藥可以減輕發作和減少發作，較適用於慢性期。對於輕度、中度患者於發作期每日4 ～ 6g，分4 次口服，病情緩解後改為每日2g，分2 次口服，使用1 ～ 2 年。據認為最佳療效期間是6 ～ 24 個月，故最長使用兩年後即需重新評價療效。該藥對本病治療有效率壹般在80% 以上。在服藥期間，本藥的不良反應有惡心、嘔吐、頭痛，偶爾引起粒細胞減少癥、藥疹和產生精液異常而導致不育。副作用發生與藥量有關，日用量4g 以上者，副作用顯著增多。
目前已有新藥如水楊酸偶氮苯甲酸、偶氮水楊酸二鈉等問世，它們均能保存SASP 的有效成分5- 氨基水楊酸（5-SAS），而減少SASP 的副反應，這些藥物的長期用量平均每日1.8g。另外，現在有直接口服的5-SAS 制劑，因在小腸吸收起不到治療結腸潰瘍的作用，可應用5-SAS2 ～ 4g 置於適量溶液中，加腎上腺皮質激素灌腸，每日1 次，2 周為1 個療程，必要時可重復。對磺胺過敏的患者，可每日口服氨芐西林2 ～ 4g，或頭孢氨芐2 ～ 4g。
近年發現本病患者的腸內有某種（或某些）厭氧菌的繁殖，有時，在活動期患者的糞內，可檢出難辨梭狀芽孢桿菌的外毒素，而後者可加劇病變和癥狀，對於此等病情，可采用甲硝唑或萬古黴素口服來控制癥狀。
（3）免疫抑制劑。對磺胺藥或腎上腺皮質激素治療無效的病例，有人主張改用或加用其他免疫抑制劑，如硫唑嘌呤或6- 巰基嘌呤，劑量均按每日1.5mg/kg 計算。但本類藥物毒性大，副作用多，特別是對骨髓的抑制，故使用時必須慎重，用藥過程中應定期檢查血象，嚴密觀察血液白細胞的改變，當白細胞數減少至5×109/L 以下，宜減半服用，白細胞數減至3×109/L 以下者應停藥。壹般療程半年至2 年。這些藥物對本病的療效尚未確定，在動物模型中還表明有致癌作用，因此，這類藥不是常規使用的藥物，只有在其他治療無效的情況下，才有使用的價值。