1983-1985年，醫學種質中心與世衛組織合作組織肺炎鏈球菌的采集、鑒定和分型，11省市29家醫院參與合作。三年間從患者腦脊液、血液、胸腔積液和中耳液中分離出1000多株細菌。通過系統鑒定，712菌株鑒定為肺炎鏈球菌，分離出40個血清型，其中2個為中國特有。該血清型菌株是國內分型最全的菌株，已用於肺炎球菌多糖疫苗的生產。
1975-1980年，在15個省、直轄市采集鑒定腦膜炎奈瑟菌。5年收集2500株，分離出12血清型。其中H、I、K三個血清型為國內首次發現，並已被國際認可使用。
從20世紀60年代中期開始進行鉤端螺旋體的收集工作。已收集3000余株，分離出67個血清型，其中1血清型為中國特有。用於生產鉤端螺旋體疫苗的菌株有7種血清型。鉤端螺旋體專業實驗室於1986年被世衛組織確認為國際專業實驗室。
此外，對沙門氏菌和莫拉菌進行了全國範圍的收集和調查，收集了壹些非常有價值的菌株，廣泛用於預防、治療和診斷。
獸用微生物設在中國獸藥監察所中國獸醫微生物菌種保藏管理中心，同時在中國農業科學院哈爾濱獸醫研究所、蘭州獸醫研究所、上海家畜寄生蟲病研究所設立分中心，承擔獸用生物制品的生產檢驗和科研教學實驗用菌的供應。目前有50屬230種3741株。主要是凍幹保存。這些菌株生產的獸藥生物制劑在我國豬瘟、馬傳貧、新城疫、牛瘟、仔豬副傷寒等重大疾病的防治中發揮了決定性作用，創造了巨大的經濟效益和社會效益。其中，豬瘟弱毒株、馬傳播弱毒株、豬二號布氏桿菌弱毒株、仔豬副傷寒弱毒株得到了國家的高度重視。豬瘟、牛瘟弱毒株在控制豬瘟、消滅牛瘟中起著決定性的作用。1992年，中國獸醫細菌目錄第壹版出版。
2000年保存了森林微生物200屬400種730株。包括用於林業的蘇雲金芽孢桿菌、森林病原體、森林昆蟲病毒、大型真菌和木腐真菌。向外界提供了78株細菌。
保存下來的樹木菌根真菌、蘇雲金芽孢桿菌的工業產品和蘇雲金芽孢桿菌的殺蟲蛋白基因已被應用於樹木遺傳育種。
藥用微生物位於中國醫學科學院生物技術研究所中國抗生素種質保存管理中心(分支機構包括四川省抗生素工業研究所和華北制藥廠抗生素研究所種質保存分中心)。2000年保存了36屬290種3000株。而且為中國抗生素研究和生產提供菌株。保藏中心有許多具有重要經濟價值的菌株，如:樂康黴素、博安黴素、博寧黴素、捷泰黴素、力達黴素、雲南黴素和山東黴素。