2008年第十壹屆全國人民代表大會後，中國開展了新的行政管理體制和機構改革政策。在食品安全監督管理方面最大的改革是“國家食品藥品監督管理局改由衛生部管理，理順食品藥品監管體制”。調整後，在食品監管方面，由衛生部牽頭建立食品安全綜合協調機制，負責食品安全綜合監督，承擔食品安全綜合協調，組織查處食品安全重大事故的責任；農業部負責農產品生產環節的監管；國家質量監督檢驗檢疫總局負責食品生產加工環節和進出口食品安全的監管；國家工商行政管理總局負責食品流通環節的監管；國家食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費環節的食品安全監管。各部門需要密切協同，形成合力，***同做好食品安全監管工作。由衛生部會同國家食品藥品監督管理局適時推進食品安全監管隊伍整合。在食品生產、流通、消費環節許可工作監督管理方面，由衛生部負責提出食品生產、流通環節的衛生規範和條件，納入食品生產、流通許可的條件；國家食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費環節食品衛生許可的監督管理；國家質量監督檢驗檢疫總局負責食品生產環節許可的監督管理；國家工商行政管理總局負責食品流通環節許可的監督管理。不再發放食品生產、流通環節的衛生許可證。
1.衛生部
衛生部為國務院的組成部門，其在食品管理方面的主要職責如下：
①推進醫藥衛生體制改革。擬定衛生改革與發展戰略目標、規劃和方針政策、起草衛生、食品安全、藥局、醫療器械相關法律法規草案，制定衛生、食品安全、藥品、醫療器械規章、依法制定有關標準和技術規範。
②承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任，組織制定食品安全標準，負責食品及相關產品的安全風險評估、預警工作，制定食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範，統壹發布重大食品安全信息。
③負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公***衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公***衛生事件預防控制與應急處置，發布突發公***衛生事件應急處置信息。
④指導規範衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公***場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督。
⑤會同國家食品藥品監督管理局適時推進食品安全監管隊伍整合。
衛生部有15個內設機構，其中與食品管理關系最密切的有以下3個。
①政策法規司。起草圍上法律法規草案，組織擬定衛生政策和標準；起草部門規章；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議和行政應訴工作。
②衛生應急辦公室（突發公***衛生時間應急指揮中心）。擬定衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；指導地方對突發公***衛生事件和其他突發事件實施預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件以及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
③食品安全綜合協調與衛生監督局。組織擬定食品安全標準；承擔組織查處食品安全重大事故的工作；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；擬定食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息的發布工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件。
2.國家食品藥品監督管理局
國家食品藥品監督管理局為衛生部管理的國家局（副部級），其在食品監督管理方面的主要職責如下：①制定藥品、醫療器械、化妝品和消費環節食品安全監督管理的政策、規劃並監督實施，參與起草相關法律法規和部門規章草案；②負責消費環節食品衛生許可和食品安全監督管理；③制定消費環節食品安全管理規範並監督實施，開展消費環節食品安全狀況調查和監測工作，發布與消費環節食品安全監管有關的信息；④組織查處消費環節食品安全和藥品、醫療器械、化妝品的研制、生產、流通、使用方面的違法行為；⑤指導地方食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和信息化建設工作；⑥開展與食品藥品監督管理有關的國際交流與合作；⑦負責保健食品的監督管理，法律法規另有規定的從其規定；⑧由衛生部會同國家食品藥品監督管理局適時推進食品安全監管隊伍整合。
國家食品藥品監督管理局有10個內設機構（副司局級），其中與食品管理關系最密切的有政策法規司、食品安全監管司、稽查局等。
3.農業部
農業部是主管農業與農村經濟發展的國務院組成部門，農業部在食品管理方面的主要職責是：①研究擬定農業的產業政策，引導農業產業結構的合理調整、農業資源的合理配置和產品品質的改善；提出有關農產品及農業生產資料價格、關稅調整、大宗農產品流通、農村信貸、稅收及農業財政補貼的政策建議；組織起草種植業、畜牧業、漁業、鄉鎮企業等農業各產業的法律、法規草案。②研究制定農業產業化經營的方針政策和大宗農產品市場體系建設與發展規劃。促進農業產前、產中、產後壹體化；組織協調菜籃子工程和農業生產資料市場體系建設；研究提出主要農產品、重要農業生產資料的進出口建議；預測並發布農業各產業產品及農業生產資料供求情況等農村經濟信息。③擬定農業各產業技術標準並組織實施；組織實施農業各產業產品及綠色食品的質量監督、認證和農業植物新品種的保護工作；組織國內生產及進口種子、農藥、獸藥、有關肥料等產品的等級和農機安全監督管理工作。④起草動植物防疫和檢疫的法律法規草案，簽署政府間協議、協定，制定有關標準；組織、監督對國內動植物的防疫、檢疫工作，發布疫情並組織撲滅。
農業部設16個職能司（廳、局、室），其中與食品管理關系最密切的有產業政策與法規司、市場與經濟信息司、種植業管理司、畜牧獸醫局、漁業局等。
4.國家質量監督檢驗檢疫總局
國家質量監督檢驗檢疫總局（正部級）是國務院主管全國質量、計量、出入境商品檢驗、出入境衛生檢疫、出入境動植物檢疫和認證認可、標準化等工作，並行使行政執法職能的直屬機構。
國家質量監督檢驗檢疫總局主要在食品的質量檢驗檢疫方面行使職能，***有18個內設機構（正司局級），其中與食品管理關系最密切的有法規司、質量管理司、衛生檢疫監管司、動植物檢疫監管司、檢驗監管司、進出口食品安全局、產品質量監督司、食品生產監管司、執法督察司等。
5.國家工商行政管理總局
國家工商行政管理總局為國務院直屬機關，在食品管理方面的主要職責有：①負責市場監督管理和行政執法的有關工作，起草有關法律法規草案，制定工商行政管理規章和政策。②承擔監督管理流通領域商品質量和流通環節食品安全的責任，組織開展有關服務領域消費維權工作，按分工查處假冒偽劣等違法行為，指導消費者咨詢、申訴、舉報受理、處理和網絡體系建設等工作，保護經營者、消費者的合法權益。
國家工商行政管理總局***有13個內設機構（正司局級），其中與食品管理最為密切的是法規司、消費者權益保護局、食品流通監督管理司、企業註冊局等。