耐藥肺結核，特別是耐多藥結核病至少耐異煙肼和利福平，和當今出現的超級耐多藥結核病。除耐異煙肼和利福平外，還耐二線抗結核藥物，對全球結核病控制構成嚴峻的挑戰。世界衛生組織估算全球耐藥肺結核病約有100 萬例。其治愈率低，死亡率高特別是發生在HIV 感染的病例，治療昂貴，傳染危害大。我國為耐多藥結核病高發國家之壹，初始耐藥率為18.6%，獲得性耐藥率為46.5%，初始耐多藥率和獲得性耐多藥率分別為7.6% 和17.1%。
制定耐藥肺結核病治療方案應註意：詳細了解患者用藥史，盡量按藥敏試驗結果指導治療，治療方案至少含4 種可能的敏感藥物。
藥物至少每周使用6 天。吡嗪酰胺、乙胺丁醇、氟喹諾酮應每天用藥，二線藥物根據患者耐受性也可每天壹次用藥或分次服用；藥物劑量依體重決定；氨基糖苷類或卷曲黴素註射劑類藥物至少使用六個月；治療期在痰塗片和培養陰轉後至少治療18 個月，有廣泛病變的應延長至24 個月；吡嗪酰胺可考慮全程使用。
耐藥肺結核病治療方案通常含2 個階段：強化期（註射劑使用）和繼續期（註射劑停用）， 治療方案采用標準代碼，例如6Z-Km（Cm）-Ofx-Eto-Cs/12Z-Ofx-Eto-Cs，初始強化期含5 種藥，治療6個月，註射劑停用後，口服藥持續至少12 個月，總療期18 個月。
註射劑為卡那黴素（Km），也可選擇卷曲黴素（Cm）。
預防耐藥結核的發生最佳策略是加強實施直接督導短程化療（DOTS 策略），使初治塗陽患者在良好管理下達到高治愈率。另壹方面加強對耐藥肺結核病的及時發現和給予合理治療以阻止其傳播。