新農合基金用於補償參合農民的醫療費用。合作醫療補償方案主要包括起付線、封頂線、補償比例和補償範圍。
(1)住院補償:住院費用按比例補償，設立起付線。鄉鎮醫療機構提供的服務，起付線為50元，不再實行分段補償，報銷比例不低於50%。縣級以上醫療機構提供的服務分二至三段補償。縣級醫療機構起付線不低於200元，報銷比例不低於30%。縣外醫療機構起付線500元，報銷比例不低於25%。分段補償的具體比例由各縣區制定。對參合農民壹年內住院費用報銷，封頂線為3萬元，按當年實際補償金額計算。住院費用按病種付費的，要加強對病種確認和入院標準的審核管理。
(2)門診補償:門診補償分為家庭賬戶和門診統籌兩種形式。家庭賬戶基金由家庭成員共同用於家庭成員的門診醫療費用。家庭賬戶基金結余可結轉下壹年度使用，但不得用於沖抵下壹年度參加合作醫療的支付資金。門診統籌，只有家庭賬戶基金用完後，在實行壹體化管理的鄉鎮衛生院和村衛生室才能給予壹定比例的補償。引導農民到鄉鎮醫療機構看病。要嚴格控制合作醫療基本藥物目錄和診療項目以外的醫療費用，加強門診醫療費用控制，加強對定點醫療機構服務行為和農民就醫行為的監督管理。
(3)孕婦分娩:參合孕婦計劃內住院正常分娩給予定額補償(100—150元)，病理產科住院分娩按病種住院補償標準給予補償。對政策規定有優惠費用的其他醫療項目，先落實優惠政策，符合合作醫療補償範圍的醫療費用，再按新型農村合作醫療的規定予以補償。補助總額不得超過實際住院費用。
(4)健康體檢:對當年參加合作醫療但未享受補償的農民，可組織壹次健康體檢，但要合理確定體檢項目和收費標準，加強質量控制，為農民建立健康檔案，切實加強農民健康管理，充分發揮健康體檢的作用。向醫療機構提供體檢服務，應當按照服務質量、數量和費用標準支付體檢費用，不得采取直接預撥的方式。承擔體檢任務的醫療機構應當給予壹定的費用減免和優惠。
(5)充分發揮中醫藥在新型農村合作醫療中的作用，提高中醫藥服務(中醫藥、中醫藥適宜技術等)的補償比例。)，並引導農民選擇安全、有效、廉價的中醫藥服務。
(6)適當提高精神疾病住院補償比例。
(7)政府另行安排資金的公共衛生服務項目不應納入合作醫療補償範圍。