壹是食品安全風險評估。國務院衛生行政部門負責組織食品安全風險評估，成立了由醫藥、農藥、食品、營養等方面專家組成的食品安全風險評估專家委員會，進行食品安全風險評估。
第二，食品安全標準的制定。根據《食品安全法》和《標準化法》的規定，國務院衛生行政部門負責制定並頒布食品和食品添加劑的食品安全國家標準，還將整合現有的食用農產品質量安全標準、食品衛生標準、食品質量標準和相關食品行業標準，統壹頒布為食品安全國家標準。
第三，食品安全信息的公布。根據《食品安全法》的規定，需要國務院衛生行政部門統壹公布的“食品安全信息”壹般包括食品安全概況、食品安全風險評估信息和食品安全風險預警信息、重大食品安全事故及其處理信息、其他重要食品安全信息以及其他需要統壹公布的信息。此外，還需要協調各食品安全監督管理部門的日常監督管理信息發布。
第四，制定食品檢驗機構資質條件和檢驗程序。除法律另有規定外，食品檢驗機構應當按照國家有關認證認可的規定取得資質認證後，方可從事食品檢驗活動。食品安全法實施前經國務院有關主管部門批準設立或者依法認定的食品檢驗機構，可以依照食品安全法繼續從事食品檢驗活動。食品檢驗機構按照衛生行政部門制定的資質條件取得相應資質後，必須按照衛生行政部門制定的檢驗規則從事食品檢驗活動。
五是組織重大食品安全事故的調查處理。重大食品安全事故涉及大量群體性食物中毒或死亡案件，往往對公眾健康和社會穩定造成嚴重損害和不良影響。因此，建立健全應對重大食品安全事故的救援體系和運行機制，協調各食品安全監督管理部門對食品安全事故的調查處理，及時有效地預防、積極應對和控制重大食品安全事故，最大限度地減少重大食品安全事故的危害。保障公眾健康和生命安全，維護正常的社會秩序，是國務院衛生行政部門的重要職責，負責食品安全的綜合協調。
六是其他需要衛生行政部門承擔綜合協調職責的事項，如國務院食品安全委員會交辦的食品安全綜合協調等。
當地衛生部門主要是組織協調當地各部門的食品安全工作。在壹些地方，由於市壹級的食品藥品監管部門尚未建立，衛生部門充當了餐飲的日常監管職能。