1．飼料中天然存在的有毒有害物質 棉籽餅、菜籽餅、大豆餅（粕）、蓖麻餅（粕）等飼料，本身就含有棉酚、異硫氰酸酯、胰蛋白酶抑制劑、凝聚素、光敏物質、硝基化合物等抗營養因子，這些物質輕者降低飼料消化率，重者引起魚類中毒，並對人類健康造成威脅。2．微生物汙染 飼料及其原料在運輸、貯存、加工及銷售過程中，由於保管不善，容易汙染上各種黴菌和腐敗菌及其毒素，主要有致病性細菌（如沙門氏菌、大腸桿菌）、各種黴菌（如曲黴菌、青黴屬菌、鐮刀菌屬菌等）及其毒素、病毒（或朊蛋白）、弓形體。有許多人畜***患的傳染病，病原微生物通過被汙染的飼料使魚類致病，並汙染水產品而危害人類健康。飼料黴變不僅會降低飼料的營養價值和適口性，更為嚴重的是它們能產生多種毒素，尤其以黃曲黴毒素B1毒性最強，有很強的致畸、致癌性，急性中毒會引起水產動物死亡，更多的是慢性中毒，毒素在動物體內蓄積，影響水產品的質量，危害人體健康。
3．飼料配制過程中的人為因素 近年來，隨著飼料工業的迅速發展，各種各樣的飼料添加劑被廣泛用於配合飼料中，對促進魚類生長和提高養殖經濟效益起了重要作用，但這類物質的濫用和不按規定使用的現象還十分嚴重，對飼料安全構成了巨大的威脅。
（1）非法使用違禁藥品，不按規定使用藥物添加劑：飼料中抗生素及壹些藥物添加劑的添加容易引起藥物殘留，是目前影響水產品安全性的主要因素。如喹乙醇曾是我國水產配合飼料中使用最多、最主要的促生長劑之壹，但是近年來研究發現，過量地使用喹乙醇會引起水產動物抗應激能力下降，甚至死亡。過量殘留還會導致人們食用後的安全危害，農業部已經於2002年將其列為無公害水產品的禁用漁藥。另外，目前使用較多的黃黴素，對其安全性還需進壹步考證，歐盟已開始逐漸禁用。
（2）有毒金屬元素：飼料中的鉛、汞、無機砷、鎘、鉻等重金屬含量超過壹定限度，會對水產養殖動物的生長造成危害，並且這些元素可以在魚體內富集，其殘留量過高會影響人們食用的安全。水產配合飼料中重金屬的來源主要為動物性原料，如魚粉、皮革粉等，預混料的礦物質添加劑也是有害金屬的來源之壹。
（3）農藥：不適當地長期和大量使用農藥，可使環境和飼料受到汙染，破壞生態平衡，對動物健康和生產以及對人類健康造成危害。農藥的種類繁多，按其化學成分可分為：有機磷制劑、有機氯制劑、有機氮制劑、
氨基甲酸酯類、擬除蟲菊類和砷制劑、汞制劑等。大部分農藥化學性質穩定，不易分解，在環境中的殘留期長，可在動植物體內長期蓄積，通過食物鏈對魚類和人體產生中毒效應。
（4）多氯聯苯：常見的多氯聯苯（PCB）為三氯聯苯和五氯聯苯，廣泛應用於工業如電器設備的絕緣油、塑料和橡膠的軟化劑等。生產和使用PCB的工廠“三廢”的任意排放成為PCB的主要汙染源，含PCB的固體廢物燃燒以及生活汙水、工業廢水的揮發等也可造成汙染。魚油和魚粉是水產飼料受PCB汙染的主要來源。大部分海產魚油中均含有少量PCB，添加於水產飼料後，由於養殖魚類的不斷攝食而產生累積，因其具有親脂性，主要蓄積在脂肪組織及各臟器中，從而對魚類產生危害。（5）油脂酸敗和組胺：魚粉和魚油是漁用飼料加工的主要原料，它們都含有較高的不飽和脂肪酸，極易氧化酸敗。飼料脂肪氧化酸敗也稱飼料哈變，是油脂長期儲存於不適宜條件下發生的壹系列化學變化，其中含有不飽和鍵的物質（脂肪、脂肪酸、脂溶性維生素及其它脂溶性物質）發生氧化反應產生遊離脂肪酸、酮和醛等多種氧化產物，使其酸價、過氧化物值及熔點增高，並對油脂的感觀性質發生不良影響的變化。長期攝入酸敗油脂，會使動物體重減輕和發育障礙，器官病變。
水產飼料中魚粉用量壹般都較高，魚粉原料不新鮮或貯存時間過久，其鮮度就會下降，揮發性鹽基氮（VBN）和組胺含量升高。實際上使用不新鮮、腐敗黴變的魚或肉制品制作的魚粉或肉骨粉產品，其生物胺含量壹般都較高，其中主要是組胺。組胺是組氨酸的分解產物，是組氨酸在莫根氏變形桿菌、組胺無色桿菌等細菌存在的組氨緩脫羥酶作用下，脫去羥基後形成的壹種胺類物質。它是壹種毒素，動物攝入壹定量的組胺後會引起中毒。因此組胺含量可作為魚粉或肉骨粉鮮度下降的重要指標。
（6）轉基因飼料原料：轉基因飼料的安全問題目前尚無最終答案，但已經大量應用於水產動物飼料中，其潛在的風險依然存在。比如用轉基因原料生產的飼料飼養出來的動物是否會產生遺傳汙染；這樣的動物性食品是否與非轉基因食品實質等同，無顯著差異；轉基因食品在某些情況下是否會產生過敏；對生態安全性有無影響等。目前已用轉基因技術培育出了高油、高賴氨酸玉米、“雙低”油菜、高蛋氨酸大豆、無色素腺體棉花等，它們中的壹部分已被用作飼料原料，這些原料具有營養價值高的特點，但對其安全性問題，仍須保持足夠的謹慎和正確的評估。
（7）益生菌：目前，雖然國內外已有大量商品化的益生菌（益生素）問世，但是除了對酵母、芽孢桿菌和乳酸菌的研究相對深入壹些外，大部分益生菌的研究只是停留在對作用效果的研究上，而且這些研究結果還很不系統，還需要更多的實驗支持，對機理研究的不深入會在益生菌的使用中存在許多問題，其中最重要的問題之壹是益生菌的安全性問題。許多微生物有益生作用，但是並不意味著它沒有副作用。許多益生菌的應用還存在著爭議，如腸道球菌既能維持人或動物腸道內微生物的菌群平衡，用於治療胃腸炎，也是壹些食物中的正常菌群，但是它同時也可能產生細菌毒素，汙染食品，導致食物中毒。需要特別註意的是，壹些益生菌株如果含有可轉移的耐藥性因子，對生物安全絕對是有害的。