因為保健品屬於特殊食品，需要先在當地縣級食品藥品監督管理局辦理保健品經營許可證，然後才能辦理營業執照，最後才能辦理稅務登記證。具體程序如下:
1.向當地工商部門申請名稱預先核準通知書，即確定店鋪名稱。
2、向當地縣級食品藥品監督管理局申請《保健品經營許可證》。
3.取得保健品經營許可證後，繼續在工商部門辦理個體工商戶營業執照(辦理個體工商戶營業執照只需要23元，這個費用全國統壹。需要的材料有:身份證原件及復印件、店鋪的產權證明(如房產證復印件或土地證復印件)、租賃合同原件及復印件、證件照片、保健品營業執照原件及復印件。
4.領取營業執照後30日內，向當地地稅和國稅機關申請辦理《稅務登記證》。
擴展數據:
保健品註意事項包括以下六個方面:
1.在宣傳中，禁止使用醫學術語或者容易與藥物混淆的術語，禁止宣傳療效。
2.嚴禁宣傳改善和增強性功能的作用。
3.廣告必須附有清晰統壹的天藍色保健食品標誌，其中報紙和平面廣告中的保健食品標誌直徑不得小於1 cm。
4.縣級以上衛生行政部門應當暫停轄區內不合格保健食品的廣告發布，經原抽樣部門或者其上級部門再次抽查合格後，方可繼續發布。
5.印刷品廣告必須刊登經工商部門批準的內容，不得擅自修改或增加廣告內容，並必須標明印刷品批準文號。
6.保健食品必須標明“保健食品”標誌和保健食品批準文號[衛食健字(年)第xxx號]或[石國健字G(年)XXXXX號]。
參考資料:
百度百科-保健品