根據上述職責，市食品藥品監督管理局設9個內設機構。
（壹）辦公室。負責機關日常政務的綜合協調工作；負責行政督辦、績效管理工作；負責文電處理、綜合性文件的草擬工作；負責檔案、機要保密、宣傳、統計、信訪和對外交流等工作；負責應急管理的組織協調；負責局機關政府采購、項目招標和固定資產管理工作；負責局系統電子政務和信息化建設、安全保衛、計劃生育、綜合治理工作；負責局機關後勤保障工作。
（二）政策法規處。負責起草相關地方性法規和規章，監督藥品、醫療器械和餐飲服務環節食品安全、保健食品、化妝品監管法律、法規、規章的執行情況；負責有關行政復議、行政應訴、聽證工作；負責法制宣傳、普法教育；負責內部規範性文件審核工作；負責人大代表議案、建議和政協委員提案辦理工作。
（三）食品化妝品監管處。負責保健食品、化妝品及餐飲服務環節食品安全監管工作；監督檢查相關法律、法規、規章的執行情況；監督實施保健食品、化妝品質量管理規範及餐飲服務環節食品安全標準和管理規範；擬訂相關監督抽驗計劃並組織實施；依法處置保健食品、化妝品及餐飲服務環節食品安全突發事件；組織全市重大活動的餐飲服務環節食品安全保障工作。
（四）醫療器械監管處。負責醫療器械生產、經營、使用的監管工作，監督檢查有關法律、法規、規章的執行情況；監督實施醫療器械法定標準、產品分類管理和生產、經營質量管理規範；組織開展醫療器械不良事件監測工作。
（五）藥品安全監管處。負責藥品（含直接接觸藥品的包裝材料和容器）生產和醫療機構制劑配制環節的監管工作，監督檢查藥品生產環節法律、法規、規章的執行情況；監督實施國家藥品標準、中藥材生產、藥品生產、醫療機構制劑配制質量管理規範；監督實施國家基本藥物制度和生產環節藥品分類管理制度；組織開展藥品不良反應監測工作；依法開展藥品生產、經營環節麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、藥品類易制毒化學品、興奮劑類藥品及其他特殊管理藥品的監管工作；負責第二類精神藥品（零售）許可和麻醉藥品、第壹類精神藥品購用證明核發工作。
（六）藥品流通監管處。負責藥品經營和使用環節監管工作，監督檢查相關藥品監管的法律、法規、規章的執行情況；監督實施國家基本藥物制度、藥品分類管理制度和藥品經營質量管理規範；依法辦理藥品零售企業《藥品經營許可證》核發工作；組織開展藥品廣告監測工作。
（七）編制人事處（離退休幹部工作處）。負責局機關和直屬單位機構編制和人事管理工作；負責幹部的考核、選拔、調配、任免、獎懲工作；制定幹部培訓計劃並組織實施；負責本單位出國人員的政審工作；負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
（八）規劃財務處。負責局系統項目資金申報；負責落實規劃項目的實施；負責組織編報和實施財務收支、預決算；制定並實施財務管理制度；負責財務檢查和內部審計工作；參與固定資產的管理；負責局機關日常財務工作。
（九）機關黨委。負責局機關及直屬單位的黨群工作。