（1）骨髓抑制性化療藥物具有不同程度的骨髓抑制性副作用，表現為白細胞、紅細胞和血小板的下降，從而引起發熱、出血和各種貧血癥狀。當然，化療藥物對骨髓抑制的程度、出現的快慢和持續的時間是不同的，但這是治療所必須的。停用化療藥物後，由於正常細胞的生長比白血病細胞早且快，在白血病細胞生長之前，正常細胞已經開始恢復，因此患者的造血功能也就恢復了。不過，下壹次化療壹定要定期進行，否則殘存的白血病細胞又會開始增殖，壹旦開始生長，很可能在短時間內形成復發。
（2）胃腸道和肝臟副作用 幾乎所有的抗白血病藥物都會引起不同程度的胃腸道癥狀，患者表現為食欲不振、惡心、嘔吐、腹痛、便秘，甚至便血。這些反應可能是由於藥物刺激或胃腸道黏膜受損引起的。少數藥物可能會作用於腦幹的嘔吐中樞。胃腸道反應壹般不會影響治療。最近，隨著中樞性止吐藥的使用，胃腸道反應在很大程度上得到了控制或緩解。在極少數情況下，如果出現頻繁腹瀉或血便，則應停藥觀察，並采取相應的積極治療措施。此外，不少化療藥物還可導致肝功能損害，即引起藥物性肝炎，因此，在化療的同時，可常規給予保肝藥物。
（3）免疫抑制化療對機體的免疫功能有不同程度的抑制作用，這也是化療後易感染或感染不易控制的原因之壹。
（4）還有壹些藥物有其特殊的副作用，如長春新堿可引起周圍神經炎，表現為手足指趾末端麻木；環磷酰胺可引起出血性膀胱炎，患者出現血尿；柔紅黴素等蒽環類化療藥物可引起心臟毒性等等。