車間設計應貫徹人與物流分離的原則。人員進入各級生產車間時，應先更衣，不同級別的生產區域需要相應級別的著裝和凈化措施。生產區域應嚴格按照生產工藝進行布置，同壹級別的生產區域相對集中。不同潔凈度級別的房間應相互連通，設置轉運窗口或緩沖間，使物料轉運路線盡可能短而順暢。物流路線壹條線是原輔材料，材料經過外部清洗處理，密集、稀疏混合；另壹條線是安瓿瓶。外部清洗後，安瓿進入清洗和灌封聯動線進行清洗和幹燥。這兩條線在灌封過程中匯合。封裝好的安瓿經過滅菌、檢漏、擦拭和異物檢查，最後外包到整個生產流程中。顯示了進出水針車間的具體流程和物流路線。輔助用房的合理設置是制劑車間GMP設計的重要環節。車間內應設置與生產規模相適應的原輔材料、半成品、成品的儲存區，並盡可能靠近與之相連的生產區，以減少運輸過程中的混雜和汙染。儲存區應設置等候區、合格品區和不合格品區；儲存稱重室，並便於布置公共管道，包括空調管道。
水針生產車間的地面壹般采用耐清潔的環氧重力平地板，隔墻采用淺色鋼板，墻與墻、墻與地板、墻與天花板的連接處采用圓弧角處理，不允許有死角。
水針生產車間需要排熱和排濕。有粗混室、細混室、工具清洗室、滅菌室、洗瓶室、潔具室等。消毒和檢漏時應考慮通風。公共工程包括給排水、供氣、供熱、強弱電、制冷通風、供熱等專業果汁設計應符合GMP原則。
總體布局為壹拖二式，即將瓶子的粗洗和精洗工序分為兩套灌裝封口系統，適合多品種小批量生產。食材壹次性準備好。