結核性腦膜炎治療成功的關鍵在於早期診斷和有效的抗結核藥物的應用。在炎癥滲出物機化引起顱神經和腦質損壞前進行治療，效果才能滿意，而且很少復發，亦無後遺癥。治療在於異煙肼在內的聯合用藥治療。異煙肼能夠通過血腦屏障，口服給藥，腦脊液中藥物濃度亦很高。劑量壹般成人8-12毫克/公斤/日加吡多辛100毫克/日；嬰幼兒15-25毫克/公斤/日。鏈黴素成人1克/日，兒童20-30毫克/公斤。異煙肼的劑量在治療1-2月癥狀改善後可分別減為5毫克和10毫克/公斤；鏈黴素則在3-4月後改為間歇治療，每周2-3克。如為耐藥菌感染後不能耐受藥物副作用而無法使用鏈黴素時，可改用利福平或（和）乙胺丁醇，劑量與治療肺結核同。初期以異煙肼、鏈黴素、利福平治療，療效比較好。這樣強化治療6個月後可改為二藥聯合治療1-2年，壹般可以異煙肼加對氨水楊酸或乙胺丁醇鞏固治療。有效的抗結核藥物仍不足以治療全部的病理，因往往其中有壹些較為晚期的病例。壹般總治愈率為75%，約1/4的病例留有各種後遺癥。
腎上腺皮質激素結合抗結核藥物的治療采用廣泛，但其作用機理沒有肯定的意見。可能它對肺炎的消散和減少，以及腦水腫減輕有壹定的作用，而且對臨床上減輕毒性癥狀也有壹定的幫助。但對於晚期溶解機化的滲出物則肯定無效，故腎上腺皮質激素應早期應用，並且必須與有效的抗結核藥物聯合使用。劑量成人以強的松為例，為60毫克/日（兒童1-1.5毫克/公斤/日，不超過每日30毫克），分3-4次口服；2-3周後逐漸減量，至6-8周停藥。
經以上治療癥狀壹般在30-45天消失；腦脊液恢復正常比較慢，壹般需6個月。
精心的護理和支持治療非常重要，嘔吐、昏迷病人易將食物吸如呼吸道，引起肺炎。對昏迷病人，以鼻飼管進食。
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