根據上述職責，市食品藥品監督管理局設10個內設機構：
（壹）辦公室。
負責機關文電、會務、安全保衛、保密、計劃生育、老幹部、檔案、統計管理及後勤保障等工作；負責機關日常工作的綜合協調和督查；承擔政務公開、信息網絡建設管理等工作；負責對外合作與交流。
（二）政策法規科。
組織實施行政執法責任制；承擔行政執法監督工作；承擔規範性文件的審核備案工作；承擔有關行政應訴和聽證等工作；負責法律法規立法和修訂的調研工作；指導本系統法制建設及普法工作。
（三）食品許可科。
承擔餐飲服務許可、保健食品行政許可及化妝品衛生許可管理工作；監督實施國家、省餐飲服務許可、保健食品行政許可及化妝品衛生許可有關規範；擬訂全市餐飲服務許可、保健食品行政許可及化妝品衛生許可有關辦法並監督實施；承擔保健食品及化妝品新原料使用、國產特殊用途化妝品生產等審核工作；指導、監督縣區餐飲服務許可、保健食品行政許可及化妝品衛生許可管理工作。
（四）餐飲服務監管科。
承擔餐飲服務環節食品安全監督管理工作；監督實施國家、省餐飲服務環節食品安全管理規範；擬訂餐飲服務監管環節食物中毒應急處置預案並監督實施；負責重大活動期間餐飲服務食品安全保障的監督管理和檢查、指導；承擔餐飲服務環節食品安全狀況調查、抽樣檢測和監測工作，發布餐飲服務環節食品安全監管信息；指導、監督縣區餐飲服務環節食品安全監督管理工作。
（五）保健食品化妝品監管科。
承擔保健食品、化妝品監督管理工作；監督實施國家和省保健食品、化妝品質量標準和技術規範；監督實施國家和省保健食品、化妝品生產經營有關監督管理規範；擬訂全市保健食品、化妝品生產經營有關監督管理辦法並監督實施；承擔有關保健食品、化妝品樣品抽驗和安全性評價工作；負責保健食品、化妝品廣告監測工作；指導、監督縣區保健食品、化妝品監督管理工作。
（六）醫療器械監管科。
監督管理醫療器械生產企業、經營企業和使用單位；承擔壹類醫療器械產品註冊審批；負責醫療器械廣告的監測工作；組織開展醫療器械不良事件監測工作。
（七）藥品安全監管科（與中藥民族藥監管科合署辦公）。
監督實施藥品生產質量管理規範、醫療機構制劑配制質量管理規範；監督實施中藥飲片炮制規範和地方藥材標準；監督實施中藥材生產管理規範和野生中藥材資源保護的管理工作；監督管理麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品、藥品類易制毒化學品、放射性藥品、戒毒藥品、反興奮劑包含藥品的生產及原料藥購用；監督實施非處方藥物目錄；組織實施中藥品種保護制度。組織開展藥品不良反應監測工作。
（八）藥品流通監管科。
監督實施藥品流通管理法律法規和藥品經營質量管理規範；承擔藥品經營使用單位的日常監督管理；監督實施流通環節藥品分類管理制度；負責藥品零售經營許可；會同有關部門負責藥品招標采購工作中投標的藥品生產、經營企業資質審查；負責藥品廣告監測；負責麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品、反興奮劑條例包含藥品經營許可和監督管理；組織實施藥品的監督抽驗計劃。
（九）人事教育科。
負責機關、直屬機構和所屬單位的機構編制、幹部管理、人事管理工作；負責專業技術人員職稱晉升初審申報工作；負責從業藥師復查登記和變更；負責機關、直屬機構和所屬單位的出國人員政審工作。
（十）計劃財務科。
貫徹執行國家、省、市有關財務管理的各項法律、法規和規章;負責對機關、直屬機構和所屬單位經費、資產實行統壹管理;編制年度預（決）算;制定機關、直屬機構和所屬單位財務管理制度並組織實施;承擔本系統有關行政事業性收費的監督管理工作。
機關黨委。按黨章規定設置，負責機關、直屬機構和所屬單位的黨群工作。
紀檢監察室。為市紀檢委（監察局）的派駐機構，人員編制、領導職數單列。