幾乎所有的藥物都可引起不良反應，只是反應的程度和發生率不同。隨著藥品種類日益增多，藥物不良反應的發生率也逐年增加。藥物不良反應有時也可引起藥源性疾病，除少數人自服藥物外，藥物不良反應主要由醫生給藥所引起，所以有些藥源性疾病也屬醫源性疾病。雖然有些藥物不良反應較難避免，但相當壹部分是由於臨床用藥不合理所致，如阿司匹林是公認的比較安全的常用藥物，但久服可引起胃腸道出血，誘發胃潰瘍，使胃潰瘍惡化，導致潰瘍出血、穿孔，長期服用還可引起缺鐵性貧血，少數病人可引起粒細胞及血小板減少。
藥物不良反應發生的原因：藥物種類繁多，用藥途徑不同，體質又因人而異。因此， 藥物不良反應發生的原因也是復雜的。
（1）藥物方面的原因：
1）藥理作用：很多藥物在應用壹段時間後，由於其藥理作用，可導致壹些不良反應， 例如，長期大量使用糖皮質激素能使毛細血管變性出血，以致皮膚、粘膜出現瘀點，瘀斑，同時出現類腎腺上皮質功能亢進癥。
2）藥物的雜質：藥物生產中可能混入微量高分子雜質，亦常滲入賦形劑等，如膠囊的染料常會引起固定性皮疹。青黴素過敏反應是因制品中含微量青黴素烯酸、青黴素噻唑酸及青黴素聚合物等物質引起的。
3）藥物的汙染：由於生產或保管不當，使藥物汙染，常可引起嚴重反應。
4）藥物的劑量：用藥量過大，可發生中毒反應，甚至死亡。
5）劑型的影響：同壹藥物劑型不同。由於制造工藝和用藥方法的不同，往往影響藥物的吸收與血中藥的濃度，亦即生物利用度有所不同，如不註意掌握，即會引起不良反應。
6）藥物的質量問題：同壹組成的藥物，可因廠家不同，制劑技術差別、雜質的除去率不同，而影響其不良反應的發生率。如冠心平中的不純物對氯苯酚則是發生皮炎的原因。氨芐青黴素中的蛋白質則是發生藥疹的原因等。
（2）機體方面的原因：
1）種族差別：在人類白色與有色人種之間對藥的感受也有相當的差別。甲基多巴所誘發的溶血性貧血在不同種族間的發生率是不同的。如進行直接抗球蛋白試驗時，服用此藥的高加索人則15%出現陽性，而服用此藥的印第安人和非洲人以及中國人都未發生陽性。解熱消炎劑異丁苯酸在英國則多出現損傷，而在日本則比較少見等。
2）性別：在藥物性皮炎中，男性發病者多於女性，其比率約為3：2。西咪替丁可引起男性乳房發育。保泰松和氯黴素導致的粒細胞缺乏癥，婦婦女比男性高3倍，氯黴素引起的再生障礙性貧血則為2倍。據Hurtwity報告：不良反應男性發生率占7.3%(50/682)，女性則為14.2%(68/478)。
3）年齡：老年人、少年、兒童對藥物反應與成年人不同，例如青黴素，成年人的半衰期為0.55小時，而老年人則為1小時，老年人由於血漿蛋白濃度減少，與藥物結合能力也降低，如苯妥英鈉與血漿蛋白的結合率較45歲以下的人低26%，小兒對中樞抑制藥，影響水鹽代謝及酸堿平衡的藥物均較敏感。壹般地說，乳幼兒較成人易發生不良反應的原因有：藥物代謝速度較成人慢，腎排泄較差，作用點上藥物作用的感受性較高，且易進入人腦內等。據統計，不良反應發生率，60歲以下者為6.3%1（42/667），而60歲以上者為5.4%（76/493），老年人使用洋地黃及利血平等尤應註意。
4）個體差異：不同個體對同壹劑量的相同藥物有不同反應，這是正常的“生物學差異”現象。例如，對水楊酸鈉的不良反應就是個體差異。300例男性病人用水楊酸鈉治療，約有2/3的病人在總量為6.5~13.0g時發生不良反應，但在總量僅為3.25g時，已有不數病人出現反應，也有個別病人在總量達30.0g左右時才出現反應，引起反應的劑量在不同個體中相差可達10倍。有時，個體差異也影響到藥物作用的性質，例如巴比妥類藥物在壹般催眠劑量時，對大多數人可產生催眠作用，但對個別人不但不催眠甚至引起焦躁不安、不能入睡。嗎啡也有類似情況，對個別人不表現抑制作用，而是興奮作用。前述之過敏反應和特異質即是個體差異的表現。
5）病理狀態：病理狀態能影響機體各種功能，因而也能影響藥物作用。例如腹瀉時，口服藥的吸收差，作用小。肝腎功能減退時，可以顯著延或加強許多藥物的作用，甚至引起中毒。
6）血型：據報告，女性口服避孕藥引起血栓癥，A型較O型者多。
7）營養狀態：飲食的不平衡亦可影響藥物的作用，如異煙肼引起的神經損傷，當處於維生素B6缺乏狀態時則較正常情況更嚴重。對缺乏煙酸飼養的動物，當用硫噴妥鈉麻酔時，作用增強。
（3）給藥方法的影響：
1）誤用、濫用、醫護藥人員處方配伍不當，病人濫用藥物等均可發生不良反應。
2）用藥途徑：給藥途徑不同，關系到藥的吸收、分布，也影響藥物發揮作用的快慢強弱及持續時間，例如靜脈直接進入血液循環，立即發生效應，較易發生不良反應，口服刺激性藥物可引起惡心、嘔吐等。
（4）用藥持續時間長期用藥易發生不良反應，甚至發生蓄積作用而中毒。
（5）藥物相互作用聯合用藥不當，由於藥物的相互作用，不良反應的發生率亦隨之增高，據報告5種藥並用的發生率為4.2%，6~10種為7.4%，11~15種為24.2%，16~20種為40%，21種以上達45%。
（6）減藥或停藥：減藥或停藥也可引起不良反應，例如治療嚴重皮疹，漢停用糖皮質激素或減藥過速時，會產生反跳現象。
許多因素可增加不良反應的發生，如聯合用藥、年齡、懷孕、某些疾病、遺傳因素。
. 多藥聯合應用
多藥並用易引起不良反應，不良反應的嚴重性與藥品種類數無比例關系，飲酒同時服藥可增加不良反應的發生。醫生或藥劑師應了解病人正在服用的所有藥物可減少藥物不良反應的危險。
. 年齡
嬰幼兒由於代謝功能不健全更易出現不良反應。例如，新生兒不能代謝和排除氯黴素而引起致命的灰嬰綜合征；四環素給嬰兒應用時可沈積在牙齒造成永久性四環素牙；15歲以下兒童用阿司匹林易引起Reye綜合征。
老年人用藥較多也易出現不良反應，腎功能隨年齡增大而減弱，加之營養不良和脫水，老年人用藥易出現頭痛、頭昏、***濟失調、易摔倒而骨折，許多抗組胺藥、催眠藥、抗焦慮藥和抗抑郁藥易引起這些癥狀。
. 懷孕
許多藥物可影響胎兒的正常發育，因而孕婦應盡量不用藥，特別是妊娠頭三個月，用藥時應監護，酒精、尼古丁、可卡因、海洛因等對孕婦及胎兒也有很大的影響。
. 其他因素
疾病可以改變藥物吸收、代謝、排泄和機體對藥物的反應。不同種族對藥物的利用度不同，藥效各異；遺傳也可使某些人對壹些藥物特別敏感而致不良反應，精神-軀體相互作用也可能有影響，但很多方面目前還不甚明了。