寧夏醫科大學機構設置有黨委辦公室、行政辦公室、教務處等。
寧夏醫科大學（Ningxia Medical University）是國家教育部、衛健委、寧夏回族自治區人民政府***建高校，設有14個教學機構，13個教輔科研機構。
其他科室：
除黨委辦公室、行政辦公室、教務處外還有科研處、研究生院、學生工作部、國際合作交流處、宣傳部、醫務處、後勤管理處、財務處、資產管理處、寧夏醫學會、寧夏高等醫學職業技術學院、臨床醫學院、基礎醫學院、預防醫學院、護理學院、中醫藥學院、生命科學學院。
其中，臨床醫學院、基礎醫學院、預防醫學院、護理學院、中醫藥學院、生命科學學院等為寧夏醫科大學的六個學院。***建單位管理處是負責管理寧夏醫科大學南華醫院、寧夏醫院和銀川市中醫院等***建單位的機構。
寧夏醫科大學簡介：
學校建設：
學校擁有4個學科門類，5個國家級特色專業，20個本科專業，其中臨床醫學、醫學檢驗技術、藥學、預防醫學、護理學5個國家級壹流專業，入選“卓越醫生教育培養計劃”試點高校。學校前身是1958年建立的寧夏醫學院。1962年改稱寧夏大學醫學系。
合作交流：
1972年，上海鐵道醫學院搬遷至銀川，與寧夏大學醫學系合並，重建寧夏醫學院。1978年開始開展研究生教育。2008年8月，學校更名為寧夏醫科大學。2014年，寧夏師範學院醫學院並入寧夏醫科大學。
學校有10所附屬醫院，有12所教學醫院，90余所實習醫院和實踐教學基地，分布於寧夏各地市及北京、上海、重慶、山東、遼寧、內蒙古、陜西、甘肅、青海等省市區。其中寧夏醫科大學總醫院是寧夏最大的綜合性三級甲等醫院，1995年醫院躋身全國500家大型醫院之列。