壹、農牧業、食品工業方面
運用基因工程技術，不但可以培養優質、高產、抗性好的農作物及畜、禽新品種，還可以培養出具有特殊用途的動、植物。
1、轉基因魚：生長快、耐不良環境、肉質好的轉基因魚（中國）。
2、轉基因牛：乳汁中含有人生長激素的轉基因牛（阿根廷）。
3、轉黃瓜抗青枯病基因的甜椒。
4、轉魚抗寒基因的番茄。
5、轉黃瓜抗青枯病基因的馬鈴薯。
6、不會引起過敏的轉基因大豆。
7、超級動物：導入貯藏蛋白基因的超級羊和超級小鼠
8、特殊動物：導入人基因具特殊用途的豬和小鼠
9、抗蟲棉：蘇雲金芽胞桿菌可合成毒蛋白殺死棉鈴蟲，把這部分基因導入棉花的離體細胞中，再組織培養就可獲得抗蟲 棉。
二、環境保護
基因工程做成的DNA探針能夠十分靈敏地檢測環境中的病毒、細菌等汙染。利用基因工程培育的指示生物能十分靈敏地反映環境汙染的情況，卻不易因環境汙染而大量死亡，甚至還可以吸收和轉化汙染物。
基因工程做成的“超級細菌”能吞食和分解多種汙染環境的物質（通常壹種細菌只能分解石油中的壹種烴類，用基因工程培育成功的“超級細菌”卻能分解石油中的多種烴類化合物。有的還能吞食轉化汞、鎘等重金屬，分解DDT等毒害物質。）
三、醫學
基因作為機體內的遺傳單位，不僅可以決定我們的相貌、高矮，而且它的異常會不可避免地導致各種疾病的出現。某些缺陷基因可能會遺傳給後代，有些則不能。基因治療的提出最初是針對單基因缺陷的遺傳疾病，目的在於有壹個正常的基因來代替缺陷基因或者來補救缺陷基因的致病因素。
用基因治病是把功能基因導入病人體內使之表達，並因表達產物——蛋白質發揮了功能使疾病得以治療。基因治療的結果就像給基因做了壹次手術，治病治根，所以有人又把它形容為“分子外科”。
四、醫藥衛生
1、基因工程藥品的生產
許多藥品的生產是從生物組織中提取的。受材料來源限制產量有限，其價格往往十分昂貴。微生物生長迅速，容易控制，適於大規模工業化生產。若將生物合成相應藥物成分的基因導入微生物細胞內，讓它們產生相應的藥物，不但能解決產量問題，還能大大降低生產成本。
2、基因診斷與基因治療
運用基因工程設計制造的“DNA探針”檢測肝炎病毒等病毒感染及遺傳缺陷，不但準確而且迅速。通過基因工程給患有遺傳病的人體內導入正常基因可“壹次性”解除病人的疾苦。
優點
基因工程最突出的優點是打破了常規育種難以突破的物種之間的界限，可以使原核生物與真核生物之間、動物與植物之間，甚至人與其他生物之間的遺傳信息進行重組和轉移。人的基因可以轉移到大腸桿菌中表達，細菌的基因可以轉移到植物中表達。