鄉(鎮)人民政府應當做好本行政區域內水上交通安全管理的相關工作。第五條縣級以上人民政府交通行政主管部門主管本行政區域內的水上交通安全管理工作，海事管理機構按照職責權限負責水上交通安全的監督管理。
漁業行政主管部門負責漁業船舶、漁業養殖水域和漁港水域的安全監督管理，調查處理從事漁業活動的漁船與漁船之間的水上安全事故。
體育行政部門負責運動船艇的安全監督管理。
縣級以上人民政府其他有關行政主管部門應當按照各自職責，做好水上交通安全管理工作。第六條各級人民政府及其有關行政部門、海事管理機構、船舶、浮動設施、渡口的所有人或者經營人應當制定相應的水上交通安全應急預案，並進行應急演練。第二章通航保障第七條通航水域內航道、助航標誌和其他標誌的規劃、建設、安裝和維護，應當符合國家規定的通航安全要求。
因航道改變、水深和水深寬度變化或者航標移位、損壞、丟失等影響航行安全的，有關機構應當及時采取措施，保持航道和航標的正常狀態。禁止損壞航道、航標、導航設施等。第八條通航水域內可能影響航行安全的溢油、障礙物或者汙染物的所有人、經營人，應當按照國家有關規定設置標誌，向海事管理機構報告，並在海事管理機構規定的期限內打撈清除；所有人或者經營人不能及時打撈清除的，海事管理機構可以決定立即實施。沒有所有人或者經營人的，海事管理機構應當打撈清除或者采取其他相應措施，確保航行安全。第九條在實施調水作業前，水庫、水電站、水閘等管理單位應當及時發布因調水作業水位急劇變化，可能影響水上交通安全的區域的水情信息。第十條在通航水域或者岸線進行可能影響航行安全的作業或者活動，應當依法經海事管理機構批準或者備案。
水上水下工程設施應當符合國家規定的通航標準和技術要求。工程設施的建設單位和管理維護單位應當按照規定設置和維護助航標誌、警示標誌和防撞設施。第十壹條設立水上加油(氣)站應當符合國家有關規劃、水上交通安全和防治水汙染的要求，經海事管理機構審核後，依法辦理相關審批手續。
禁止在水路中流動加油(氣)。第十二條利用船舶、浮動設施從事水上餐飲娛樂等經營活動，應當符合當地人民政府的統壹規劃，符合國家對船舶、浮動設施和船員的管理要求，遵守水上交通安全管理和防治水汙染的規定。第十三條船舶、浮動設施應當依法進行檢驗登記，取得船舶檢驗登記證書，並保持適於安全航行、停泊、作業或者相關活動的狀態。
船舶、浮動設施的所有人和經營人負責船舶、浮動設施的交通安全，不得擅自改裝船舶、浮動設施。確需改裝的，應當向海事管理機構認可的船舶檢驗機構重新申請建造檢驗。第十四條禁止通過內河、湖泊運輸劇毒化學品和國家禁止運輸的其他危險化學品。第十五條船員應當遵守《中華人民共和國船員條例》的規定，不得有下列行為:
(壹)駕駛不具備載客條件的船舶的；
(二)超限、超載、超速、超越航線或航區航行的；
(三)在濃霧、暴雨、大風等不符合適航要求的條件下航行和作業；
(四)夜間航行未進行夜間航行的；
(五)在船上工作期間飲酒或者服用國家管制的精神藥品或者麻醉藥品的。第十六條船長在保障水上人身和財產安全、船舶安全和防治船舶水汙染方面享有獨立的決策權，並承擔最終責任。
無船長的船舶，履行相應職責的船員應當對船舶的人身財產安全、水上交通安全和水汙染防治負責。