醫院內設12個職能科室；14個臨床科室；7個醫技科室；3個服務中心；11個基層黨支部；5個群眾性組織。
十二個職能科室：
院辦公室(文檔、文秘、內外收發、文印、微機中心控制、接待、基本建設管理)
人事科(組織人事、職稱評定)退管科（離退休職工管理）
財務科(門診收費、住院收費、會計、檔案、稽核、藥品會計、醫保會計)
審計室（審計監督）
醫務科(醫療業務管理、司法鑒定、醫保）
科教科 （教學、科研、)
護理部（護理業務管理、護理科研教學、培訓）
感染管理科（醫院感染管理）
信息科(病案、統計、檔案管理、圖書、影像、宣傳、網絡信息管理)
門診部(各科門診、專科門診、皮膚科、掛號、導醫咨詢)
體檢中心（健康體檢）
十四個臨床科室：
內壹科(心血管疾病、呼吸系統疾病、CCU病房)
內二科(消化系統疾病及內窺鏡、內分泌、泌尿內科、血液、血液透析、代謝性疾病)
內三科(感染性疾病)
內四科(神經內科疾病、老年性疾病)
外壹科(外傷、胸外、骨科)
外二科(普外、腫瘤、燒傷)
外三科(泌尿外科、神經外科、男性病、碎石中心)
婦產科(婦科、產科、計劃生育技術、婦產科門診)
五官科(眼、耳、鼻、 喉)
中醫科(中醫內科、中醫外科、中藥管理、理療、高壓氧艙)
兒 科(康復科、兒科疾病、小兒結核菌素實驗及過敏原測定、)
急診科(院前急救、院內急救、ICU病房、門診輸液及留觀)
麻醉手術科(麻醉與手術管理)
口腔科(口腔內科、口腔外科、矯形)
七個醫技科室:
放射科(普通透視、攝片、各種造影檢查、放射介入、CT)
檢驗科(雲南省臨床檢驗分中心、血庫、臨床檢驗)
功能科(超聲、心腦電圖、腦電圖、電生理、經顱多普勒)
病理科(院內外病理學檢查及診斷）
醫療設備科（醫療設備購置安裝、改造、維修）
西藥劑科(住院藥房、門診藥房、普通制劑、藥檢、藥品倉庫)
供應室（消毒滅菌、提供無菌物品、壹次性用品管理）
三個服務中心:
緊急醫療救援中心（120急救中心）（院前急救、突發醫療公***衛生應急）
後勤服務中心（保衛、車輛管理、物業管理、後勤物資采供等）
華旭社區衛生服務中心(社區衛生服務、B超、檢驗、中西藥、門診、住院)
十壹個基層黨支部:
院辦黨支部、內科壹支部、內科二支部、檢驗黨支部、醫技黨支部、門診黨支部、急診黨支部、外科黨支部、婦產科黨支部、老幹第壹黨支部、老幹第二黨支部。
五個群眾組織:
***青團委、工會、婦女委員會、老年人協會、老年體協。