（壹）辦公室協助局領導對有關工作進行綜合協調和督促檢查；負責局機關文電、會務、信訪、信息、保密、應急、公文處理、安全保衛、提案議案、大事記、檔案及統計管理等工作；負責政務公開、目標管理、社會治安綜合治理、後勤服務及網站建設管理等工作；負責對外合作與交流。
（二）政策法規處組織實施行政執法責任制；參與起草有關法規、規章草案；承擔規範性文件的審核及監督工作；負責宣傳報道和新聞發布工作；負責組織重大案件審理；負責有關行政復議和聽證等工作；負責行政執法監督工作；負責核發生產第Ⅰ類醫療器械產品生產註冊證書；負責藥品經營（零售）企業許可證的核發，藥品經營（零售）企業許可證變更登記；負責Ⅱ類精神藥品零售經營企業審批；負責有關餐飲服務許可的受理審批。
（三）餐飲服務監管處負責餐飲業、食堂等消費環節食品安全監督工作；監督實施國家餐飲業、食堂等消費環節食品安全管理規範；擬訂地方餐飲業、食堂等消費環節食品安全管理規範並監督實施；負責餐飲業、食堂等消費環節食品安全狀況調查和監測工作；發布與餐飲業、食堂等消費環節食品安全監管有關的信息。
（四）保健食品化妝品監管處負責監督實施國家保健食品生產經營監督管理規範；負責有關保健食品安全性評價工作；擬訂保健食品安全監管信息發布辦法並監督實施，定期向社會公布保健食品安全監管信息；負責保健食品廣告監測工作；監督實施國家化妝品生產經營監督管理規範；負責有關化妝品安全性評價工作；擬訂化妝品安全監管信息發布辦法並監督實施；負責化妝品廣告監測工作。
（五）醫療器械監管處負責監督實施醫療器械監督管理的法律、法規及規章；監督全市醫療器械標準和生產、經營質量管理規範的實施；負責監測已發布的醫療器械產品廣告。
（六）藥品安全監管處負責監督實施藥品、中藥材生產、醫療機構制劑質量管理規範；監督實施國家直接接觸藥品的包裝材料、容器藥用要求及標準；負責麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品、藥品類易制毒化學品、戒毒藥品、反興奮劑條例包含藥品的生產及原料藥購用的監督管理；指導藥品不良反應監測機構的業務工作。
（七）藥品流通監管處負責監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施藥品分類管理制度；負責藥品廣告監測；負責蛋白同化制劑、肽類激素等經營監督。
（八）人事處負責局機關、派出機構、直屬單位的機構編制、人事管理和幹部管理工作，制定有關培訓計劃並組織實施；負責從業藥師申報初審和考前培訓工作；負責醫藥、中藥企業開展特殊工種的職業技能鑒定工作；負責離退休幹部管理工作及局機關、派出機構及直屬單位出國人員政審工作。
（九）規劃財務審計處負責擬訂系統基礎設施建設、裝備中長期規劃並組織實施；制定系統專項經費和裝備的財務管理制度並監督實施；負責管理局機關、派出機構及直屬單位財務經費和其他資金；負責編制年度預（決）算工作；負責國家投資和技術裝備購置的審核、申報工作；負責局機關、派出機構及直屬單位財務審計工作。
（十）機關黨委：負責機關和指導直屬單位的黨群工作。
（十壹）紀檢監察室：負責機關和指導直屬單位的紀檢、監察工作。