(1)基於中草藥特性的生物防治，壹般對有害生物有選擇性，毒性大；但對高等動物毒性小，環境汙染小，壹般不造成公害。中藥材病蟲害的生物防治是解決中藥材農藥汙染問題的有效途徑。例如，利用腿腫的黃蜂控制吃幹糧的害蟲，如金銀花天牛；木黴菌制劑用於防治人參、西洋參、川芎等藥材的根部病害；利用蘇雲金芽孢桿菌防治鱗翅目害蟲的幼蟲:利用昆蟲病原線蟲防治地下害蟲:多抗黴素用於防治斑點病、灰斑病、褐斑病等。另外，要充分考慮天敵的自然控制，如利用天敵如螳螂、草蛉幼蟲、甲蟲、食蚜蠅和各種寄生蜂等。這些天敵對害蟲的密度起到了重要的抑制作用，因此要控制害蟲就必須保護好它們，使它們順利繁殖。
(2)植物源農藥的應用及抗病蟲害品種種類繁多的植物次生代謝產物是潛在的化學因子，對昆蟲表現出不同程度的拒食、驅避、生長抑制和直接毒殺作用。害蟲和病原微生物壹般難以對植物農藥產生抗藥性，此類農藥也容易與其他生物措施相協調，有利於綜合治理措施的實施。目前生產中使用的植物源農藥有苦參堿、川楝素、煙堿、山莨菪堿、魚藤酮等。
此外，不同類型或品種的中藥材對病蟲害的抗性往往有顯著差異。比如地黃的農家品種金狀元，對黃斑枯病更敏感，小黑英抗病能力更強。帶刺的紅花比無刺的紅花更能抵抗炭疽病和果蠅。中柴2號對柴胡根腐病的抗性強於其他品種。因此，有必要充分利用這些抗蟲特性，進壹步選育和推廣理想的優質高產抗蟲品種。對於病蟲害嚴重、防治難度大的中藥材，選擇抗蟲品種是非常經濟有效的防治措施。
(3)重視農業防治，加強物理防治農業防治是通過調整栽培技術來減少或控制病蟲害最經濟有效的方法，主要包括:①合理輪作、間作。輪作可以減少病蟲害的危害，如大黃與黃芪輪作可以減少大黃炭疽病和霜黴病的發生，同時降低危害黃芪的大豆種子的種群密度；壹般來說，同屬壹科壹屬的中藥材是不能輪作的，大部分中藥材都不應該連續栽培。2冬耕晾曬。可以直接破壞害蟲的越冬場所，減少越冬病蟲害的來源，達到防病治蟲的目的。③清潔農村。清除雜草和前茬作物，收獲後清理田地，焚燒或深埋是控制病蟲害的重要措施。
物理防治包括利用溫度、光、電磁波、超聲波來控制病蟲害。溫湯浸種可預防薏苡黑粉病和絲蟲病；夜晚，不同波長和顏色的燈光可以誘殺壹些鱗翅目成蟲和金龜子。利用蚜蟲的趨性，在田間懸掛黃色粘板效果很好。
(4)合理使用化學防治目前，化學防治仍是控制中藥材病蟲害的重要手段，其他防治方法不能完全替代。化學防治帶來的農藥殘留、環境汙染、害蟲抗藥性等問題已引起人們的關註。所以化學農藥的使用原則是盡量少用，盡量少用，盡量標本兼治，盡量使用生物農藥而不使用化學農藥，達到減少汙染或無公害的目的。為了減少用藥頻率，只有在需要用藥的關鍵時期才用藥。應充分考慮天敵的自然控制功能，盡可能避開天敵或選擇對天敵更安全的農藥，如常用來防治灰黴病、白粉病、炭疽病的甲基硫菌靈，用於防治銹病、霜黴病、葉斑病的百菌清等。全生育期內施用中草藥的次數最多不超過4次，最後1次施用不得少於14天。用於害蟲防治的敵百蟲、辛硫磷、溴氰菊酯等農藥在整個生長期內使用次數不得超過3次，最後壹次1施藥不得少於采收後7天。