根據菌種組成可分為單壹菌種和復合菌種。現在生產中常用的是復合菌株。最常用的菌種有乳酸桿菌、糞鏈球菌、芽孢桿菌和酵母菌。其中，乳酸菌屬和糞鏈球菌屬是正常微生物，而芽孢桿菌屬和酵母菌屬只是零星存在於腸道中。芽孢桿菌具有較高的蛋白酶、脂肪酶和澱粉酶活性，可顯著提高畜禽的生長速度和飼料利用率。芽孢桿菌在飼料加工和酸性環境中穩定性高，不會在腸道環境中增殖。目前，國家批準的益生菌有以下幾種：芽孢桿菌、乳酸桿菌、糞鏈球菌、釀酒酵母、黑曲黴、米曲黴。
益生菌的作用
1、補充有益菌群，維持消化道菌群平衡。健康畜禽的消化道內棲息著多種微生物，它們維持著畜禽胃腸道的微生態平衡和畜禽機體的健康，當畜禽受到換料、斷奶、運輸或疾病等應激時，會引起畜禽胃腸道內環境的變化，導致消化道微生態平衡被破壞，消化功能紊亂，抑制生長，發生疾病。益生菌能在消化道內增殖，從而抑制和排除有害菌，維持或恢復腸道內微生物的平衡。其作用機理是：(1) 益生菌阻止有害細菌在腸粘膜上附著和繁殖。(2) 益生菌產生的乳酸和醋酸可降低消化道的 pH 值，抑制有害細菌的生存。(3）益生菌產生的菌酶、過氧化氫等代謝產物具有抗菌作用。
2.益生菌可使反芻家畜的瘤胃功能正常化。益生菌能刺激反芻家畜瘤胃微生物的生長和活性，增加瘤胃微生物菌群的數量，提高瘤胃中丙酸的含量，維持瘤胃 PH 值的正常化。
3.益生菌能刺激免疫系統，提高免疫力。益生菌是良好的免疫激活劑，能有效提高幹擾素和巨噬細胞的活性，通過產生抗體和提高吞噬細胞的活性來激發機體免疫力和抗病能力。
4.益生菌與菌群相互競爭，協助人體排除毒素和代謝產物。益生菌與消化道菌群存在生存和繁殖空間競爭、定居地競爭、時間競爭和營養競爭。它們限制了病原菌群的生存和繁殖，也限制了它們在消化道內的定居和附著。此外，許多益生菌還具有抑制消化道內氨和其他腐敗物質產生的作用。
5、益生菌可以改善人體的新陳代謝，補充人體營養，促進畜禽生長。益生菌能產生多種消化酶，促進畜禽對營養物質的消化和吸收。同時，益生菌還具有合成 B 族維生素、維生素 K 及其他微量元素和促進礦物質吸收的功能。