第壹步：申請人登錄原發證地食品藥品監督管理局申報端或省級食品經營許可管理系統（網上申請），填寫《食品經營許可註銷申請書》並附相關申請材料。
第二步：申請人向所在地政務服務中心食藥監窗口提交申請材料，材料齊全、符合法定形式的，予以受理；
申請材料存在錯誤的，當場更正；申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當補齊全部內容。
第三步：符合條件的，食品藥品監督管理部門將依法作出準予許可的書面決定；
不符合條件的，依法作出不予許可的書面決定，並同時說明理由。申請人對決定不服的，可以依法申請行政復議或者提起行政訴訟。
第四步：申請人到所在地食品藥品監督管理局窗口領取《準予註銷通知書》或不予註銷決定書。
網上申請註銷所需資料：
1、《食品經營許可證》註銷申請書（壹式兩份）；
2、食品經營許可證正、副本各壹份；
3、申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，應當提交代理人授權委托書和代理人身份證復印件（雙面復印，核對原件）。
需要註意的是：網上註銷食品經營許可證必須是實名認證賬號。
法律依據："食品經營許可管理辦法》
第三十六條 終止食品經營，食品經營許可被撤銷、吊銷或者食品經營許可證被撤銷的，應當在30個工作日內向原發證的食品藥品監督管理部門申請辦理註銷手續。
第三十七條 有下列情形之壹，食品經營者不申請辦理註銷手續的，原發證的食品藥品監督管理部門應當依法辦理食品經營許可證註銷手續：
1、食品經營許可證有效期屆滿未申請延續的；
2、食品經營許可證被依法撤回、撤銷或者食品經營許可證被依法吊銷的；
3、因不可抗力導致食品經營許可事項無法實施的；
4、法律、法規規定應當註銷食品經營許可證的其他情形。
食品經營許可證被註銷後，許可證編號不得再次使用。