新農合大病住院報銷起付線根據定點醫療機構級別不同有所不同:
1，鄉鎮醫療機構起付線壹般在100-200元之間，報銷比例80-90%；
2.縣級醫療機構起付線在300-700元之間，報銷比例為70-80%；
3、市級醫療機構起付線在500-2000元之間的，報銷比例為60-70%；
4、省級及省級以上醫療機構起付線在800-3000元之間的，報銷比例為50-60%。
封頂線約為654.38+0.5萬元。部分地區醫療費用總額超過6萬元或8萬元時，報銷比例相應提高。起付金額和報銷比例應參照所在地區的相關政策規定。
重大疾病醫療補助的資格:
1，申請人必須參保參加基本醫療保險；
2.申請人發生的醫療費用必須超過壹定的起付線；
3、申請人的疾病必須符合大病醫療保險範圍；
4.申請人應按規定程序提交相關證明材料和申請表。
綜上所述，大病住院醫療補助初始申報金額和報銷比例因所在地和定點醫療機構級別不同而不同。鄉鎮起付線100-80% 200元，縣級300-700元70-80%，市級500-2000元60-70%，省級800-3000元50%。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第二十七條
參加職工基本醫療保險的個人，達到法定退休年齡且累計繳費達到國家規定年限的，退休後不再繳納基本醫療保險費，按照國家規定享受基本醫療保險待遇；未達到國家規定年限的，可以繳費至國家規定的年限。第三十條下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍: (壹)應由工傷保險基金支付的；(二)應當由第三方承擔的；(三)應由公共衛生承擔的；(4)出國就醫。依法應當由第三方承擔的醫療費用。第三方無力支付或者無法確定第三方的，基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三方追償。
第二十五條
基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和醫療費用結算管理辦法按照國家有關規定執行。
第二十三條
職工應當參加職工基本醫療保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納基本醫療保險費。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以參加職工基本醫療保險，個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。
第二十六條
職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險按照國家規定執行。