1、冷鏈體系尚未建成目前，中國大約85%的肉類、77%的水產品、95%的蔬菜水果基本上是常溫運輸銷售，每年僅果品腐爛近1200萬噸，蔬菜腐爛1.3億噸，經濟損失嚴重。就發達國家而言，加拿大已經形成完整的農產品冷鏈物流體系，蔬菜物流損耗僅為5%。目前，中國的冷鏈體系的建立需要政府的大力支持。
2、冷鏈設施相對落後近年中國冷鏈基礎設施正在迅速增長，但相對於中國龐大的人口基數，冷庫及冷藏車等資源的人均占有量仍舊偏低，部分基礎設施陳舊且分布不均，亟待升級改造。
從運輸情況看，受中國鐵路資源等因素限制，鐵路冷藏運輸與公路冷藏運輸難以協同，嚴重影響冷藏運輸效率。
3、冷鏈第三方物流發展滯後目前，中國第三方冷鏈物流發展的基本狀況是以食品生產企業為母體的第三方物流企業和獨立第三方物流公司***存並進。專業第三方冷鏈物流占20%左右，以中小企業為主，缺乏行業競爭力。
4、冷鏈系統標準化有待完善據不完全統計，分布在不同行業和部門的冷鏈物流標準已達近200項，
而冷鏈物流行業涉及的各個產業技術組織、科研機構，則分散在各個政府部門、各個行業中，這樣就造成相互之間難以交流和配合，不能形成統壹的規劃。
5、信息化水平低下冷鏈物流不同於普通物流，其硬件水平和貨物運作要求較普通貨物具有較強的剛性要求，中國整體物流信息化水平較低，而冷鏈運輸行業的信息化現狀更是不容樂觀。運營人員大多數是從普通物流轉變而來，不僅對產品特性不熟悉，而且對於冷鏈物流的運營要求掌握程度更低。因此，冷鏈物流應急預案能力亟待提高。