根據上述職責，省衛生和計劃生育委員會設24個內設機構：
(壹)辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案、督查等機關日常工作，承擔重大問題調研、重要文稿起草、政務公開、政務信息、目標績效管理、安全保密和信訪、建議提案辦理、社會治安綜合治理等工作。
(二)規劃與信息處。
擬訂全省衛生和計劃生育事業中長期發展規劃;統籌規劃全省衛生和計劃生育服務資源配置工作，承擔區域衛生和計劃生育規劃的編制和實施，指導衛生和計劃生育公***服務體系建設;擬訂大型醫用裝備配置管理辦法和標準並組織實施;承擔衛生和計劃生育的信息化建設和統計工作，參與全省人口基礎信息庫建設工作。
(三)法制處。
組織擬訂衛生和計劃生育、中醫藥事業發展地方性法規、規章草案;擬訂衛生和計劃生育地方性標準;承擔機關規範性文件合法性審核工作;承擔行政復議、行政應訴等工作;指導衛生和計劃生育系統落實執法責任制;統籌推進衛生和計劃生育委員會行政審批事項管理工作。
(四)體制改革處(省深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室)。
承辦省深化醫藥衛生體制改革領導小組及其辦公室的具體工作，研究提出深化醫藥衛生體制改革重大方針、政策、措施的建議，督促落實領導小組會議議定事項;承擔組織推進公立醫院改革工作。
(五)衛生應急辦公室(突發公***衛生事件應急指揮中心)。
擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施;組織協調與指導各地突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動;組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施;對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援;發布突發公***衛生事件應急處置信息;負責重大活動醫療保障協調。
(六)疾病預防控制處(省愛國衛生運動委員會辦公室)。
擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施;完善疾病防控體系，防止和控制疾病發生和疫情蔓延;承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作;承辦省愛國衛生運動委員會的具體工作。
(七)醫政醫管處。
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量、醫療服務、醫療安全、采供血機構管理和醫務人員執業標準等有關政策、規範、標準並組織實施;擬訂公立醫院績效評價和考核制度，承擔建立醫療機構醫療服務、醫療質量評價和監督體系的有關工作;指導醫療機構藥事及感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作;擬訂公立醫院運行監管制度，監督指導全省醫療機構評審評價工作。
(八)基層衛生處。
擬訂農村衛生和社區衛生政策、規劃、規範並組織實施;指導全省基層衛生服務體系建設和鄉村醫生管理工作，監督指導基層衛生政策的落實;承擔新型農村合作醫療的綜合管理工作。
(九)婦幼健康服務處(出生缺陷幹預處)。
擬訂婦幼衛生和計劃生育技術服務政策、規劃、技術標準和規範並組織實施;推進婦幼衛生和計劃生育技術服務體系建設;承擔婦幼衛生、出生缺陷防治、人類輔助生殖技術管理和計劃生育技術服務工作;推動實施計劃生育生殖健康促進計劃;擬訂衛生和計劃生育技術服務、計劃生育藥具和節育技術推廣使用的規章，依法規範指導計劃生育藥具管理工作。
(十)食品安全標準與監測評估處。
組織擬訂食品安全標準，組織開展食品安全風險監測、評估和交流，承擔新食品原料、食品添加劑新品種、食品相關產品新品種的安全性審查工作，參與擬訂食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範。
(十壹)綜合監督處。
承擔公***衛生、醫療衛生、計劃生育綜合監督工作;按照職責分工承擔職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和計劃生育的監督管理工作，組織開展公***場所、飲用水安全、傳染病防治監督檢查，整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為，督辦重大違法案件，指導和規範綜合監督執法行為。
(十二)藥物政策與基本藥物制度處。
組織實施基本藥物制度，參與制定國家基本藥物目錄，組織擬訂省級基本藥物增補目錄;會同有關部門擬訂我省國家基本藥物的采購、配送、使用的政策措施並組織實施;執行基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出基本藥物價格政策的建議，參與擬訂藥品法典。
(十三)艾滋病防治工作處。
擬訂全省防治艾滋病的規劃和措施;承擔艾滋病防治項目的組織實施和管理工作;承辦省防治艾滋病工作委員會的具體工作。
(十四)計劃生育基層指導處。
指導和督促基層加強計劃生育基礎管理和服務工作，完善計劃生育政策並組織實施，推進基層計劃生育工作網絡建設。
(十五)計劃生育家庭發展處( 省出生人口性別比綜合治理辦公室)。
研究提出全省促進計劃生育家庭發展的政策建議，建立和完善計劃生育利益導向機制及特殊困難家庭扶助制度;擬訂計劃生育獎勵扶助政策;擬訂計劃生育“三結合”工作規劃並組織實施;承擔出生人口性別比綜合治理工作。
(十六)流動人口計劃生育服務管理處。
擬訂全省流動人口計劃生育服務管理工作規劃、政策，指導基層建立流動人口計劃生育信息***享和公***服務工作機制。
(十七)計劃生育目標管理處。
擬訂計劃生育工作年度責任目標;完善計劃生育目標管理責任制並組織實施;指導實施計劃生育“壹票否決”制，協調落實和督查督辦“壹票否決”制。
(十八)宣傳處。
擬訂衛生和計劃生育宣傳、公眾健康教育、健康促進的目標、規劃、政策和規範，承擔衛生和計劃生育科學普及、新聞宣傳和信息發布工作。
(十九)科技教育處。
擬訂衛生和計劃生育科技發展規劃及相關政策，組織實施相關科研項目、新技術評估管理、科研基地建設，承擔實驗室生物安全監督工作;組織實施畢業後醫學教育和繼續醫學教育，參與擬訂醫學教育發展規劃，協同指導醫學院校教育，開展住院醫師規範化培訓和專科醫師培訓。
(二十)對外合作處。
組織指導衛生和計劃生育工作領域的國際交流合作與國際援助項目的實施;承擔與港澳臺的交流與合作工作;負責機關和直屬單位因公出國(境)人員的初審、報批等外事工作。
(二十壹)保健局(中***貴州省委保健委員會辦公室)。
擬訂全省幹部醫療保健政策和工作規劃並組織實施;承擔省委保健委員會確定的保健對象醫療保健工作;承擔黨和國家領導人及重要外賓來黔的醫療保障工作;承擔重要會議和大型重要活動的醫療衛生保障工作;承擔省委保健委員會日常工作。
(二十二)省中醫藥管理局。
組織擬訂中醫藥和民族醫藥發展規劃;承擔中醫醫療機構的監督管理工作;貫徹執行中醫醫療機構、人員、中醫技術準入制度;指導高等中醫藥臨床教學、中醫藥師承教育、繼續教育和相關人才培訓工作;組織協調中醫藥和民族醫藥基礎研究及臨床運用研究，指導中醫藥和民族醫藥技術開發及科技成果推廣工作。設中醫綜合處、中醫醫政處(中西醫結合和民族醫藥處)、中醫科技教育處。
(二十三)財務處。
承擔衛生和計劃生育專項資金管理工作;承擔機關及納入機關統壹財務管理單位的預決算、財務、資產管理和內部審計工作;提出醫藥服務和藥品價格政策建議，指導和監督社會撫養費管理。
(二十四)人事處(人才處)。
擬訂全省衛生和計劃生育人才發展規劃並組織實施;承擔機關和所屬單位機構編制、人事管理和隊伍建設等工作;會同有關部門擬訂各類衛生專業技術人員資格標準並組織實施;組織指導衛生和計劃生育管理幹部崗位培訓工作;承擔機關黨建有關工作。
離退休幹部處。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導所屬單位的離退休幹部工作。
紀檢監察機構。省紀委派駐省衛生和計劃生育委員會紀檢組、省監察廳派駐省衛生和計劃生育委員會監察室，行政編制6名。其中：紀檢組長1名，紀檢組副組長(監察室主任)1名，監察室副主任1名。
機關黨組織按有關規定設置。